办公室：负责州科协常委会、全委会、工作会议题的收集和组织工作；编制科协工作规划、年度计划和工作总结；协助科协领导对机关工作进行综合、协调、督促检查；负责机关文书处理、重要会议组织、机关保密、安全保卫、来信来访、机关财务、物资、车辆及档案管理工作；负责州科协退休干部职工的管理。

学会与基层科协部：组织协调综合性、多学科的重要课题，开展学术研讨活动；负责全州性学会、协会、研究会的组织管理和日常联络工作，办好《科教兴州论坛》；参与人民团体、科教社团制定有关法规、政策工作；负责开展对外交流与合作的组织联络；宣传党的知识分子工作方针、政策，反映科技工作者的呼声和要求，维护科技工作者合法利益；负责继续教育工作，指导州级学会和县科协的学术交流；负责全州性学会学术期刊管理；负责联系和指导企业、科研单位、大中专学校科协的工作；指导科协系统的咨询工作；负责“金桥工程”的组织、协调、评比、表彰工作。

普及部：根据科普发展规划，制定科普工作实施计划并组织实施；组织开展群众性、社会性、经常性的科普活动；负责联络、协调和指导全州的科普工作，大力宣传科学技术是第一生产力的思想，弘扬科学精神，普及科学知识，传播科学思想和科学方法，努力提高全州各民族的科学文化素质；负责科技培训、科普示范和技术推广；负责指导乡（镇）科协和农村专业技术协会的工作；负责青少年科技教育工作。

民族科普队：发动和组织有关学会、协会、研究会的科技人员；深入基层，通过科普讲座、科技展览和科教电影等形式，传播推广适合当地的实用技术；开展技术培训，大力发展智力， 为党政领导决策民主化、科学化服务；利用各地区传统的节假日、文艺、体育和物资交流活动之机，多渠道地开展内容丰富的科普宣传、技术咨询、技术服务，来抵制和反对各种不良社会习俗；指导、帮助农村和牧区建立科普网络服务体系；宣传党的民族政策、普及法律知识、文化生活知识和党的现行政策的宣传有机的结合起来，为广大农牧民服好务。

反邪教办：自觉接受社会团体登记管理机关的监督管理，依照登记的章程开展活动；为团结和联系社会各界人士，弘扬科学精神和人文精神，维护法律尊严，尊重宗教信仰自由，积极开展与邪教组织的斗争，努力提高公众对邪教组织的警惕性、鉴别力和防范能力。