天保办：负责全州天保工程规划，组织、指导实施，并监督、检查。

退耕办：负责全州退耕还林规划，指导、监督和检查实施。

森林资源管理站：负责全州森林资源管理，拟定森林资源调查规划；负责林木采伐限额管理 。

森林植物检疫站：负责组织指导森林病虫害预测预报、防治和森林植物检疫工作。负责林业科技项目、科技推广，知识产权及新品种保护等工作。

野生动物保护站：负责全州野生动植物资源的调查，组织编制全州野生动植物发展规划，协助管理野生动植物保护工作。

阿坝藏族羌族自治州木材检查总站：负责全州林木及其产品的运输检查工作，依法查验木材运输证件和植物检疫证。

阿坝藏族羌族自治州林木种苗站：负责全州林木种苗的监督检查、种质资源管理、采种基地建设，林木种子储备和调剂，良种繁育、推广，种苗市场和信息化建设。

阿坝藏族羌族自治州世界遗产保护站  

阿坝藏族羌族自治州草原监理站