2018年1月，阿坝职业学院以“四川民族职业学院”名称入规，3月获批；同年5月，更名为阿坝职业学院；同年9月30日正式挂牌开学，是经四川省人民政府批准设立、中华人民共和国教育部备案、阿坝藏族羌族自治州人民政府举办和主管的公办全日制普通高等职业院校，开办资金为1500万元。

2020年7月，阿坝职业学院获批四川省贫困村创业致富带头人首批省级实训基地。

2021年10月，阿坝藏族羌族自治州委编委下达批复，将四川省阿坝卫生学校整体划入阿坝职业学院，将四川省马尔康民族师范学校（阿坝州民族高级中学）中（师）职教育功能划入阿坝职业学院，学校“一校两区”办学格局正式形成。同年4月，州扶贫开发局与阿坝职业学院举行2021年阿坝州脱贫村创业致富带头人及脱贫劳动力技能培训项目签约仪式。

2024年10月，学校与茂县人民政府合作，以校地合作为基础，在中国古羌城设立了“绘梦留芳”阿坝职业学院文创中心。