安庆博物馆承担的文物保护工作，分为可移动文物保护和不可移动文物保护两个部分。截至2021年1月，该馆已做到文物库房恒温恒湿，安装使用了文物微环境保护设备，对博物馆展柜、库房等多点的温度、湿度进行无线联网监测记录，通过采集器将温度、湿度信息转换为无线信号，传输到控制中心电脑上，计算机将信号进行处理，以报表、曲线等形式显示出来，系统还具有自动记录存储、打印曲线和报表、历史数据查询、自动报警等功能。

2014年4月27日，安徽博物院在安庆博物馆设立了“安徽博物院文物科技保护中心安庆工作站”，这是安徽省在地级市博物馆设立的第一个文物科技保护工作站，主要开展馆藏及民间古书画的修复、装裱工作。