1943年，安徽省“省立立煌高级助产护士职业学校”建立。

1945年，开办药剂专业，开安徽省药学教育之先河，易名“安徽省立煌高级医事职业学校”。

1946年，学校随省政府迁至合肥，改名“安徽省立高级医事职业学校”。后因校舍不适用，又迁到安庆，更名“安徽省立安庆高级医事职业学校”。

1952年，定名“安徽省安庆卫生学校”。

1958年，经安徽省人民委员会批准，成立安庆医专，与安庆卫校两校一址，对外两块牌子。

1962年，安庆医专停办。

1966年，受文革冲击，学校停止招生。

1972年，恢复办学。

1977年，恢复中专统招制度，学校迎来快速发展的新时期。

1990年，全省卫生中专学校办学评估，居全省14所中等卫生学校之首。

2000年，安徽省人民政府确定学校为省重点中专学校。

2004年，国家教育部授予国家级重点中等职业学校。

2007年3月，经国家教育部和安徽省人民政府批准，由安庆卫生学校独立升格为安庆医药高等专科学校。

2011年，学校响应党中央支援西部大开发与民族团结的号召，承办内地新疆中职班。

2015年，作为北京大学继续教育学院安庆学习中心，承办药学、护理学本科专业。

2020年，成为安徽省内专科学校中首批“专升本”培养单位，与安徽医科大学联合举办4个本科专业。

2022年2月，获批安徽省地方技能型高水平大学建设单位。8月，安庆秉风康复医院成为学校附属医院。

2023年1月，安庆市第二人民医院成为学校附属医院。

2023年3月25日，安庆医药高等专科学校临床试验科技学院（双生谷临床试验科技学院）成立。