根据上述职责，白银市督查考核局设4个内设机构：

综合科

负责与省委、省政府督查机构的联系协调工作，承办上级督查部门交办的各项工作任务；负责对县区督查机构进行工作联系和业务指导；负责本单位文秘、党务、纪检监察、人事工资、计生、职工教育培训工作及政治、业务学习和日常管理；负责单位资产、后勤、车辆、财务、安全管理等工作；受理县区、市直各部门和群众团体考核工作方面的申诉和举报，负责组织调查和核实工作;负责省、市人大代表建议和政协提案的督查办理及情况反馈工作；负责人民网网民留言的督查办理工作；负责群众关注的热点、难点问题的督办落实和调研反馈工作；承办领导交办的其它工作事项。

考评科

负责县区、市直各部门和群众团体重点工作的督查和综合考评工作；负责市级领导分包重点项目的督查考评和情况反馈工作；负责市重点项目周报制事项的督查考评和情况反馈工作；负责县区、市直部门绩效考评工作的督促检查；负责白银市招商引资项目帮办服务的督查和综合考评工作；负责与本科室业务工作相关的督查专报、通报和信息的起草撰写工作。

督办科

负责中央、省、市领导批示件的督办及省级以上新闻媒介对我市工作的批评建议的督查办理工作；负责省委、省政府重大决策部署的贯彻落实和督查反馈工作；负责市委全委会、市委常委会、市委常委（扩大）会议、市政府全体会议、市政府常务会议、市长办公会议等市委、市政府重要会议确定事项的分解立项、督查落实和汇总反馈工作；负责省市为民兴办实事按月按季完成情况的督查反馈工作；负责与本科室业务工作相关的督查专报、通报和信息的起草撰写工作。

目标管理科

负责县区、市直各部门和群众团体年度目标的起草制定和组织签订工作；负责全市目标管理考核内容的补充完善和每月每季完成进度情况的督查反馈工作；负责省定目标每月每季完成进度的督查落实和反馈工作；负责《白银市目标管理考核办法》的补充完善工作；负责与本科室业务工作相关的督查专报、通报和信息的起草撰写工作。