曾荣获卫生部“全国卫生先进集体”、“全国计划免疫先进单位”和国家档案局“科技事业单位国家二级档案管理”，以及“上海市优秀基层党组织标兵单位”、“上海市百佳爱心助老特色基地”、“上海市卫生系统抗击非典先进集体”等多项市级以上的荣誉称号，并屡获“卫生系统五好班子”、“基层领导考核先进单位”和“区级文明单位”等区级集体荣誉称号，另外在全市业务工作年终考核中已连续12年成绩“优秀”。中心实验室连续多年经市技术监督局的计量认证考评合格，2005年又通过中国实验室国家认可评审。

2020年9月，上海市宝山区疾病预防控制中心被授予“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2021年7月，上海市宝山区疾病预防控制中心党总支被评为“上海市先进基层党组织”。

2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号。