学校前身

保山卫生学校

1965年5月，创建“保山半农半读卫生学校”，校址在保山城西南郊小梨园现址。

1966年6月，改为“保山专区卫生学校”。

1970年9月，又改称为保山地区卫生学校。

1972年3月，保山滇西干部疗养所撤销，房屋资产及所有人员归并入卫生学校，学校由小梨园迁至该所，地址位于保山城西太保山脚，小梨园原校址留作学校生产基地。同年7月，成立保山地区卫生学校革命委员会。

1978年11月，校名确定为云南省保山卫生学校。

1981年，保山地委决定在卫校校址成立保山地区中医院，卫生学校迁往小梨园原址办学，并重新在小梨园扩建校园。

1981年8月，经中共保山地委决定，保山卫生学校定为县处级单位，仍隶属于保山行署卫生局主管。

1988年11月，云南省卫生厅授予“文明卫生学校”称号。

升格成立

保山中医药高等专科学校

2006年2月，教育部根据有关法律以及全国高校设置评议委员会的评议结果，同意在保山卫生学校的基础上建立保山中医药高等专科学校。

2011年，学校通过高职院校人才培养工作评估。

2012年，大理州中医医院成为学校大理（非直属）附属医院。

2014年，学校通过公共体育课程教学评估。

2015年3月，学校成为云南省特色骨干高等职业院校建设计划院校。

2015年7月，学校加入“中医药保健服务国家标准研发及专业人才培训基地”联盟。

2019年11月，迪庆藏族自治州人民医院新增为学校校非直属附属医院。

2021年12月，云南省教育厅和卫生健康委员同意将保山市第三人民医院作为保山中医药高等专科学校非直属附属医院。

2022年1月，学校获批准成为国家自然科学基金依托单位。2月，学校获批云南省高水平中医学专业群立项建设单位、云南省高水平学校培育单位。

2023年2月，学校被遴选为第二批基层西学中能力建设工程带教基地。7月，学校入选全国健康学校建设单位。12月，学校获批招收外国留学生资质。

2024年5月，学校获批2024年云南省职业教育贯通培养改革试点项目院校。