根据上述职责， 巴中市城市管理行政执法局设4个内设机构：

（一）办公室

对机关政务、业务等工作进行综合协调和督促检查;管理局机关公共行政及事务工作;负责重要会议的组织和文秘、宣传、政务信息公开、档案、保密、保卫、后勤等工作;组织办理人大代表建议、政协委员提案;负责本单位的组织人事、教育培训、群团工作;负责群众来信来访和举报投诉的调查、协调、督办、回复及信访稳定工作;协助做好党的建设和思想政治工作。

（二）城市管理科（行政审批科）

负责中心城区、兴文新区和高速公路、公路主干道两侧、机场等规划区内的户外广告审批、设置和实施;负责门店招牌的设置审批;负责路标、路牌、报刊电话亭、公交站牌等市政设施设置的审批;负责机动车停放点、非机动车停放点、公共场所临时占道摆摊等的许可管理;负责道路开挖、弃土倾倒、建筑垃圾倾倒、洗车(含修车、汽车美容)场点、废品收购站点的审批和管理;负责城市市容市貌管理、环境卫生管理、市政管理的行政许可审批。

（三）执法监督科

组织拟订城市综合执法管理的规范性文件、政策及其实施办法;负责城市综合执法管理的综合调研和法规的宣传工作;负责监督管理城市市容环境卫生、城市公共空间景观、城市道路、桥梁及附属市政设施，拟订城市公共设施管理办法;参与大、中型市容环卫设施的项目规划、建设的审核;参与城市新建、改(扩)建项目中市容环卫配套设施建设方案的审核;参与建设项目中有关环境卫生、市政设施、城市排水以及市场建设等设施的建设方案评审和监督;监督管理城市道路挖掘、占用、依附城市道路、桥梁埋设或架设各种管杆线等设施;参与城区垃圾转运车、压缩中转站、公共厕所等环卫设施项目建设;负责行政执法责任制、评议考核制、错案责任追究制的组织实施工作;协调处理执法过程中的争议纠纷和重大案件的查处，承办行政复议和行政诉讼的应诉事项;负责对各县(区)行政执法进行业务指导、考核工作，调查处理县(区)重大违法违规案件;负责执法文书的制订、领取、回收及执法证件的办理、审核等工作;负责监督行政执法及各类行政处罚案件的核审工作;负责拟订行政执法工作规程;负责局机关纪检监察工作。

（四）计划财务科

负责编制城市管理维护、城乡环境综合治理、行政执法等经费的年度计划;监督城市管理行政事业性收费;负责局机关财务和统计工作;负责罚缴分离工作及罚没票据的监督、检查、管理工作;参与城市管理中政府投资招投标工作;负责局固定资产核查和财务报表编制工作;负责局机关、直属单位正式职工的住房公积金、医疗保险缴纳和临时聘用人员的养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险缴纳和工资发放工作。