巴中市疾病预防控制中心坐落于巴中市巴州区育才街50号，占地面积4458·72平方米，建筑面积6160·67平方米，其中实验室面积2650平方米。

巴中市疾控中心拥有气相色谱/三重四级杆串联质谱仪、超高效液相三重四级杆质谱联用仪、电感耦合等离子体质谱联用仪、火焰原子吸收光谱仪、实时荧光定量pcr仪、全自动微生物鉴定系统、脉冲场凝胶电泳仪等大型高精仪器设备，现有固定资产2900余万元。建有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、临床检验实验室等专业实验室，并通过实验室（食品检验机构）资质认定，取得了放射卫生技术服务机构资质（乙级）、职业健康检查和职业病诊断机构资质。现为四川省首批10家“食品安全风险监测示范单位”之一，全省首批8家“国家致病菌识别网网络实验室”建设单位。

巴中市疾控中心先后取得实验室资质认定（计量认证）资质、食品检验机构资质、四川省职业健康检查机构资质、放射诊疗建设项目职业病危害放射防护评价（乙级）资质、职业病（尘肺）诊断机构、四川省首批“食品安全风险监测示范单位”，先后获得“全国医药卫生系统先进集体”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全省计划免疫工作先进单位”、“全省防治非典工作先进集体”、“全省疾病预防控制先进集体”、“全省卫生应急工作先进集体”、“档案管理省一级单位”、“市直卫生系统先进党支部”、“市总工会先进集体”等荣誉称号。