市审计局设11个职能部门：

（一）办公室

处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织和有关报告、文件及局机关管理制度的起草；组织指导本系统信息化工作；从事审计调查研究，负责宣传、外事、新闻发布；负责系统内计算机网络管理和计算机审计软件的开发工作；负责机关文电处理、保密、信访、档案管理、保卫、计划生育等事务；管理局机关经费；联系特约审计员。

（二）法制科（综合科）

负责编制审计工作计划；汇编审计工作统计报表及统计分析；编辑审计信息，承担对外宣传和有关文书的起草；综合考核县(区)审计机关业务工作；组织对内部审计的指导和监督；从事审计调查研究和目标管理。组织贯彻执行审计工作的法律、法规和方针政策；负责地方审计法规、规章的草拟及修改和报批，办理有关的协调工作；参与研究制定财政经济方面的法规和政策，提出有关建议；实施对局机关各业务科和下级审计机关审计行政执法的监督检查；组织对全市社会审计组织审计业务质量的监督检查；审核与复核局机关和直属机构的审计报告、审计意见书和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施全市审计普法教育工作；指导全市审计机关的法制工作。

（三）财政审计科

拟定市级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市级预算执行、其他财政收支及税收征管、市国库办理市级预算资金的收纳拨付情况及县(区)人民政府预算执行和决算以及其他财政收支；开展专项审计和审计调查；指导全市财政审计业务。

（四）行政事业审计科

负责审计市级人大机关、政协机关、法院机关、检察院机关、政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；开展专项审计和审计调查；指导全市行政事业审计业务。

（五）经贸审计科

负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；依法对市属国有及国有资产占控股或主导地位企业进行审计监督，组织对全市其他国有及国有资产占控股或主导地位企业的审计监督；开展专项审计和审计调查；指导全市经贸审计业务。

（六）农业资金审计科

负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农林水利、资源环保、扶贫开发等专项资金的筹集、管理、使用情况；负责审计县(区)人民政府管理的农林水利、资源环保、扶贫开发资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导全市农林水利与资源环保审计业务。

（七）固定资产投资审计分局

依法对市级国家重点建设项目的概（预）算执行和决算、市级国家重大工程资金筹集、使用情况进行审计监督；组织对市其他国家建设项目和市国有施工企业、房地产业的审计监督；开展专项审计和审计调查；指导全市固定资产投资审计业务。

（八）外资运用审计科

负责对国际组织和外国政府在巴援助、贷款和赠款项目的财务收支和项目执行情况进行审计监督，向四川省审计厅、国际组织和外国政府提出审计公证报告（代审计意见书）；对市属国有资产占控股和主导地位的中外合资合作企业、境外中资企业和机构进行审计监督；开展外债审计、专项审计和审计调查；指导全市外资运用审计业务。

（九）人事教育科

负责办理局机关及直属单位的机构编制、人事管理、出国（境）人员政审等事宜；协助办理县(区)审计机关负责人的任免事项；组织和指导全市审计系统的教育培训；负责局机关并指导直属单位离退休人员管理服务工作。

（十）金融审计科

负责对市级地方银行、保险、证券、期货交易机构、各类非银行金融性公司和审计署、省审计厅授权或统一组织的国家金融、保险、证券、期货交易机构的资产、负债、损益进行审计监督;对地方债券、集资的审批和证券发行进行审计监督;开展专项审计和审计调查;指导全市金融审计业务。

（十一）社会保障审计科

负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支;负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会保障机构管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金的财务收支和各项社会福利、救灾救济、优抚安置、社会捐赠资金以及发行彩票募集的资金的筹（幕）集、管理、使用情况;负责审计县、区人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况;开展专项审计和审计调查;指导全市社会保障审计业务。