元代

至元十三年（1276年），江西道士张留孙前往元大都（今北京）朝觐元世祖，后留在大都作为天师张宗演的代表。张留孙晚年发现大都没有泰山神东岳大帝的行宫，遂发愿筹资兴建。

延祐六年（1319年），张留孙在元大都齐化门（今朝阳门）外买地，欲修建供奉东岳大帝的庙宇，庙未建成时张留孙便羽化。

至治二年（1322年），张留孙弟子吴全节继承师志，建庙之大殿及大门。

至治三年（1323年），吴全节建庙东西庑（长屋）及四子殿，塑神像，敕赐额曰“仁圣宫”，东岳庙正式建成。

泰定二年（1325年），元鲁国大长公主捐资修建庙宇后殿作为神寝。

明代

正统十二年（1447年）五月，明英宗动工修葺东岳庙。同年八月，修缮完成。完工后，明英宗朱祁镇亲自撰写《御制东岳庙碑》，将前殿改名岱岳殿，供奉东岳山神，后殿改名育德殿，为东岳大帝及东岳淑明后的神寝。

嘉靖三十九年（1560年），乾清宫太监偶因疾感，祷于东岳庙，不久后痊愈。他见庙宇颓圮，乃出资命御马监太监张暹、卢鼎等整修庙宇。同年八月，动工修缮，于同年十一月完工，将大殿、后宫、东西配殿廊庑各殿及神像、祭器整饬一新。又见庙外居民嘈杂，遂建影壁一座，摒除亵秽；还在东廊开凿水井，以济行人之渴；续建庙前东西房十九间交与东岳庙道士收管，勒石立碑，作《崇整岳帝司神修蕞续基碑记》。

隆庆三年（1569年），京都善士雷洪、余和、王盘、王敏，督工雷清等领众捐资重修东岳大帝、七十六司等神像。

隆庆四年（1570年），神像修复完工，立碑《东岳庙重新圣像碑记》。

万历三年（1575年），明万历皇帝的母亲李太后，因笃信佛道，将自己膏沐钱捐出，率领万历皇帝朱翊钧、朱翊钧的弟弟潞王朱翊镠、公主及诸宫御中贵各捐资重修东岳庙，命宫内掌事大太监冯保择内臣廉干者负责监工。

万历四年（1576年），修缮告成，张居正撰文《敕修东岳庙碑记》。

万历十三年（1585年），李太后诚献岱宗宝殿前大香炉，更换了七十六司前所有的香炉。明神宗甚至在泰山南麓为母亲李太后修建祠堂，永远奉祀泰山之神。

万历二十年（1592年），明神宗在梦中见到东岳大帝，以为神赐，当即下令整饬庙宇。不但在寝殿左右加筑了配殿，在殿后添建了后罩楼，而且添置了庙门前的东西两座过街碑楼，额曰“宏仁锡福”“灵岳崇祠”，工期用了整整一年。

清代

顺治八年（1651年），炳灵公殿重修。

康熙三十七年（1698年），东岳庙因居民不慎而失火。

康熙三十八年（1699年），清圣祖动用广善库金准备重修东岳庙。

康熙三十九年（1700年）三月，东岳庙重修工程开工。

康熙四十一年（1702年）六月，重修工程完工。

乾隆二十六年（1761年），东岳庙再次整修，工期一年。这两次重修，康熙、乾隆皇帝特意御笔撰写碑文，满汉对照，刻石立碑，加盖亭阁，以示隆重。

道光十六年（1836年），东岳庙第十七代道士马宜麟集善众之资修建东廊的春秋殿，将东廊与中院打通。重修西廊之斗姥殿、火祖殿，新建海神殿、仓神殿，在马道口（今金台路附近）设立了义园（公墓），重修了芳嘉园的三义庙，还在东岳庙内创办了义学，收容家境贫寒的子弟入学。至此，东岳庙的基本格局已经具备。

中华民国

中华人民共和国

中华人民共和国成立前夕，东岳庙内破败不堪，庙里的许多神像推倒砸碎。其后，东岳庙为机关、学校所占用。

1950年，东岳庙附近火药厂爆炸，庙内部分神像受损；庙两侧木制牌楼被炸毁，后拆除。东岳庙后被北京市安全局占用，从而宣告关闭。

1958年至1962年，北京市第一次文物普查期间，北京市文物研究所将东岳庙古建、碑刻、文物一一登记，详细描述，建立档案，并制作碑石拓片，保存在国家图书馆和首都图书馆。

1986年，北京市朝阳区委、朝阳区人民政府成立了“东岳庙腾退修复领导小组”，进行东岳庙修复的前期筹备工作。由于东岳庙是明清两代举行国家祀典的场所，同时也是道教正一派在华北地区最大的庙宇和庙会等民俗事象的集中表现地，国家文物局、北京市人民政府在听取了朱家溍、罗哲文、谢辰生、钟敬文等学者的意见之后，决定将东岳庙辟为北京民俗博物馆。

1988年，东岳庙山门在朝阳门外大街拓宽时拆除，原二道门棂星门改为正门。

1995年，东岳庙中路驻扎单位陆续腾退、搬迁出东岳庙。同年12月，东岳庙中路内单位正式将东岳庙管理权、使用权移交给北京市文物局，北京市文物局又移交给朝阳区文化文物局，由其组建北京民俗博物馆。

1996年，北京东岳庙中路开始古建修缮。

1997年6月，北京东岳庙管理处暨北京民俗博物馆正式成立。

1998年春节，北京东岳庙适度内部开放。

1999年春节，北京东岳庙全面对社会开放。

2001年，北京东岳庙开展西路搬迁腾退和修缮工作，拆除违章建筑10000余平方米，动迁居民、商户400余家。

2002年，北京东岳庙西路开始进行修缮。

2008年，北京东岳庙东路进行了收复腾退和修缮工作。同年5月，北京东岳庙中路神像区正式重新开放宗教活动。

2011年1月，北京东岳庙东路完成竣工验收。

2013年1月，东岳书院在北京东岳庙东路揭牌。

2021年7月31日，北京东岳庙中路施工，全庙暂停对外开放。