2003年11月11日，《新京报》创刊。

2011年9月1日，经国家新闻出版署批准，新京报社主管主办单位变更为中共北京市委宣传部。

2014年，推出动新闻产品，率先用动漫形式解读时事热点要闻。

2016年，推出“我们视频”品牌，用视频聚焦社会热点、重大突发事件。

2018年8月，新京报、北京晨报、千龙网三家媒体机构整合方案获批；2018年12月，新京报与北京晨报完成整合。

2018年10月31日，为顺应媒体变革趋势，新京报app正式上线，迈出了加快推进媒体深度融合转型的重要一步。

2019年7月25日，在北京市委宣传部的整体统筹和全程指导下，新京报社主导推动千龙网改革；2019年8月1日，千龙网正式“上新”。

2020年，新京报社提速新闻产品移动化、视频化，传播渠道的网络化、社区化、智能化，开启了包括政务、财经、音频、智库和5g实验室在内的16项采编业务，致力于搭建更高品质的新闻服务平台。

2021年8月1日起，《新京报》（邮发代号1-87）由每日出版改为每周五刊（周一至周五出版，周六、日休刊），逢国家法定节假日报纸版休刊，新京报app及新媒体平台保持7x24小时全天候、全平台内容生产发布。

2021年，经北京市编办批复，新京报社正式定级为正局级、公益二类事业单位，与北京日报报业集团、北京广播电视台并列为北京市三大媒体集团。

2022年6月，新京报成立“零碳研究院”，打造集内容、数据、服务、调研报告、活动于一体的新型财经类产品，旨在为双碳工作提供智力支持与融媒支撑。

2022年11月， 新京报特别发布“媒体融合十大行动”，分别为传播矩阵聚力计划、贝壳财经“走进”计划、评价指数“智引”计划、双碳研究助力计划、品牌战队“星辰”计划、数字文化创意计划、“论法有方”推广计划、金融信息服务计划、融媒素养研学计划、“益起圆梦”公益计划。

2023年2月17日，新京报成为百度文心一言（英文名：ernie bot）首批生态合作伙伴，全面体验并接入全链路ai人工智能产品与服务。

2023年6月，“新京报全媒体传播矩阵平台”项目入选第三届中国报业深度融合发展创新案例。