2006年，新京报获得“中国最具投资价值的媒体”“中国最有成长潜力的媒体”“中国最新锐报纸”“中国最有影响力的时政类报纸”等荣誉。新京报摄影记者获世界新闻摄影比赛(world press photo，简称“wpp”)三等奖 。

2015年1月28日，首届世界互联网大会报道奖评选结果揭晓，新京报获得包括最佳消息报道、最佳专题报道、最佳图片以及最佳报道团队4项重量级奖项。

2017年10月28日，新京报我们视频荣获“2017中国应用新闻传播十大创新案例”。

2020年11月19日，新京报新媒体作品《武汉！武汉！》入选“2020中国新媒体战‘疫’十大精品案例（地方媒体）”。

2021年4月1日，新京报社深度报道部被首都绿化委员会办公室和北京市人力资源和社会保障局评为“2020年度首都全民义务植树先进单位”。

2021年9月30日，新京报社位列北京市网信办互联网新闻信息服务单位许可名单。

2022年 1月，新京报社暖一度运营团队获评中国正能量2021“五个一百”网络精品征集评选展播“百个优秀网络正能量建设者” 。

2022年8月，新京报app获颁“2021-2022年度全国十大省市级新闻客户端”称号。

2023年6月，新京报全媒体传播矩阵平台入选“中国报业深度融合发展创新案例”。

2023年9月，新京报社获评北京市广播电视媒体融合先导单位，新京报“我们视频”获评北京市广播电视优秀融媒体工作室，新京报“动新闻”获评2023年北京市广播电视媒体融合成长项目。

2023年11月，新京报社《重庆山火救援实录：热血“长城” 凡人大义》荣获第33届中国新闻奖新闻摄影奖二等奖，《新疆大叔 圆梦北京》荣获第33届中国新闻奖新闻专题奖三等奖。

2024年，《新京报》入选中国知网“2024年度高学术影响力中国报纸”。