2000年1月北京植物园被评为首批国家aaaa 级旅游景区，2002年3月通过iso9000质量管理体系和iso14000环境管理体系双认证，是北京首批精品公园之一，首批国家重点公园之一。2004年在首都文明行业考评中取得优异成绩。

2009年中国科学技术协会授予北京植物园2010-2014年“全国科普教育基地”称号； 2008年北京市科学技术委员会授予“北京市科普教育基地”，同年还获北京市教育委员会授予的“北京市青少年校外活动基地”；2008年中国生物多样性保护基金会授予北京植物园“中国生物多样性保护基地”称号；2005年中国植物保护协会授予“全国野生植物保护科普教育基地”称号；2005年北京市科学技术委员会授予北京植物园“北京市科普工作先进集体”的荣誉称号。

2019年11月，《国家级非物质文化遗产代表性项目保护单位名单》公布，北京市植物园获得“曹雪芹传说项目”保护单位资格。

2020年11月，入选首届北京网红打卡地上榜名单（共100家）。

2022年3月，入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。