1919年5月4日，在学生领袖郑振铎的带领下，北京交通大学（时称北京铁路管理学校）作为发起高校之一，组织并参与了“五四”运动；翌日，北京交通大学学生会正式成立，成为领导全校青年学生参加学生爱国运动的中坚力量，也使我校成为了中国最早举起“民主”、“科学”大旗的高校之一，郑振铎先生则成为我校首任学生会主席。

1922年3月31日，北京交通大学第一个共青团支部正式成立。

1925年“五卅惨案”爆发后我校朱我农校长被公推为北京各团体联席会议主席，领导全部工作，6月15日，北京交通大学学生会组织并参与了北京十万人大游行。

1926年3月18日，北京交通大学学生会组织学生参加游行抗议日本军舰炮击大沽口，遭反动军警镇压，四人受伤，共产党员李廉桢牺牲。

1932年1月28日，日军进攻上海，十九路军奋起抗战，全校学生组织并参加了北平各界慰劳上海抗日将士大会。

1935年12月9日，当北平的爱国学生在听到蒋介石下令“绝对不抵抗”后，他们像雄狮一样怒吼起来，把“九·一八”以来郁积在心头的仇恨和对国民党蒋介石的愤懑都迸发了出来。在中国共产党的直接领导下，千余学生在中华门前请愿游行，掀起了以抗日救亡为主题的“一二·九”运动。北京交通大学学生会积极参与并领导了此次学生爱国运动，在“一二·九”运动中发挥了重要作用。

1937年5月，北京交通大学学生会于湖南湘乡杨家滩组织“五四”运动纪念活动，并成立“救亡宣传队”，宣布正式接受中国共产党的领导。7月7日卢沟桥事变后北平沦陷，北京交通大学学生会于1938年1月起随学校南迁，前后四度变换校址，在学校最艰难的时期，老师不过几十人，学生不过百余人，但北京交通大学学生会始终没有放下抗日救亡的大旗，辗转艰辛。1945年8月15日，日本宣布无条件投降，北京交通大学举校欢庆，举行了全校庆祝胜利大游行。

内战爆发后，北京交通大学爱国师生在中国共产党的领导下始终坚持开展第二条战线的斗争。

建国后，北京交通大学学生会明确了自己的纲领，正是确立自己为“党领导下、团指导下的学生群众组织”，领导全体同学为社会主义建设不断贡献着自己的力量。

1999年5月8日，美国悍然袭击我驻南联盟大使馆，酿成了著名的“五八”事件。事件发生后，全校师生义愤填膺，北京交通大学学生会迅速组织爱国学生进行了抗议游行，成为了全国第一个举行抗议活动的学生组织，时任学生会主席的杨春明同学代表全校师生向美国大使馆递交了中国来自民间的第一封抗议信。

2003年，“非典”侵袭交大，情况极其严峻，全校确诊病例50余例，疑似病例100余例，隔离师生2000余人。在此危难之际，北京交通大学学生会坚守自己的工作岗位，用坚定的信念、科学的态度和乐观的精神战胜了“非典”，真正实现了“誓与交大共存亡”的诺言，成为了校园中一面不倒的旗帜。

2005年，北京交通大学学生会作为学校的核心学生组织，开始全面参与奥运会志愿者服务工作，并在2008年奥运会期间担负了我校志愿者赛时指挥中心的运行工作，主要干部均作为骨干志愿者进入场馆一线，为奥运会贡献自己的力量。