根据上述职责，沧州市扶贫开发办公室设4个内设机构：

综合科

负责机关政务督办、文电处理、信息反馈、档案保管、机要保密、会议组织和党群、人事、机构编制、财务、离退休干部工作；负责单位工作计划、工作总结和有关文件、材料的起草工作；制定并组织实施机关有关规章制度；负责信息化建设和信息公开工作。

计划监测科

拟订全市扶贫开发规划和年度项目计划，指导、组织扶贫开发项目的申报、实施；拟订本级扶贫资金的分配和使用建议；检查、监督扶贫资金的使用情况和使用效益并进行评估；实施扶贫开发情况的统计和动态监测；负责扶贫示范项目的推广和产业化扶贫工作；承办人大代表建议、政协委员提案有关工作。

社会扶贫科

组织开展市直机关、团体、企事业单位定点帮扶工作；协调联络中直、省直机关单位定点帮扶工作；负责社会各界扶贫捐赠资金、物资的接收、投放；负责扶贫开发的宣传报道和对外联络工作；承办外资扶贫项目的组织实施。

培训指导科

制定全市贫困劳务技能培训和贫困农民实用技术培训工作年度计划并组织实施；监管省、市、县级扶贫培训基地，协助扶贫培训基地做好参训人员的就业安置工作。