办公室

负责局机关文电、信息、档案、机要、保密、信访等日常工作；负责承办人大代表建议、政协委员提案；负责机关和直属单位的机构编制、人事管理和计划生育、离退休干部工作；负责机关和直属单位国有资产、财务和党群工作。

政策法规科

组织、指导、检查民族宗教法律、法规和政策的贯彻实施，提出协调民族关系、维护宗教和谐的工作建议；研究散杂居少数民族权益和少数民族妇女儿童保护等问题，并提出有关政策建议。办理涉及保障少数民族、信教群众的切身利益，处理民族关系，尊重少数民族风俗习惯，维护民族团结和民族宗教领域社会稳定方面的有关事宜；负责民族宗教干部培训工作；承办涉及民族宗教政策问题的文章、材料、书刊及音像品的审核工作；承办民族团结进步表彰事宜；研究民族宗教领域重大突发事件的报警、应急机制并参与有关问题的处置。配合有关部门做好少数民族干部的培养教育和选拔推荐工作。

民族科

研究在文化、艺术、教育、卫生、新闻出版等领域涉及少数民族的问题，参与拟订少数民族文化、体育、卫生和教育等有关规划和政策性措施，提出促进少数民族教育发展的建议；研究和管理民族古籍的挖掘整理工作；会同有关部门开展群众性少数民族文化体育活动；分析民族地方社会发展情况，负责少数民族经济社会发展的综合统计工作；协助推进民族地方科技发展、对口支援及经济技术合作，组织少数民族和民族地方改革与发展中有关问题的调查研究；管理支援少数民族地区专项资金和其他对口扶贫资金。

宗教科

负责天主教、基督教、伊斯兰教、佛教、道教事务管理工作。对有关重大问题进行调查研究并提出解决方案，依法加强对宗教事务的管理，引导、促进宗教在法律、法规和政策范围内活动；指导宗教活动场所和宗教教职人员的认定、管理工作，指导有关宗教团体自身建设工作；联系有关宗教界上层人士，培养、教育宗教教职人员。负责局机关及市级宗教团体涉外事宜；办理有关出访、来访人员审批手续；会同有关部门和各县（市、区）处理涉外及涉香港、澳门特别行政区和台湾地区工作中宗教方面的问题。