（一）办公室

协助局领导处理机关日常工作，协调各科室及直属事业单位工作；承办文秘档案、政务信息、保密保卫、信访督查、重大会议组织和宣传工作；负责机关内部规章制度建设；承办局机关并指导直属单位的人事、机构编制、劳动工资、专业技术人员评聘工作；指导水利水产系统劳动保护、安全生产和职工队伍建设；组织协调水利水产科技项目攻关和技术推广工作；负责局机关好直属单位的党群、纪检监察、精神文明建设和社会治安综合治理工作；负责全局的老干部工作。

（二）计划财务科

根据国家、自治区发展战略，编制全市水利水产年度计划和中长期发展规划并组织实施；会同有关部门制定水长期供求计划；组织协调流域开发工作；负责基建项目的立项审核和报批工作；负责指导全市水利水产行业的产业发展和财务、统计、审计工作；负责局管各类资金的计划、分配和监督检查；负责局及所属单位的国有资产管理；负责水利水产行业的经济技术协作。

（三）水政水资源科

贯彻执行国家和自治区关于水利行业有关政策法规并监督实施；负责全市水资源统一规划、管理和保护；负责组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；协调旗县区和部门之间的水量分配方案和水事纠纷案；指导全市计划用水和节约用水。

（四）建设与管理科

贯彻执行国家、自治区关于管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、河堤的规章制度、技术标准，制定全市的相关制度和标准，并监督实施；组织对河流、湖泊和水利工程的防汛安全管理和综合治理与开发，负责汛期防洪调度与指挥；组织具有控制线或跨旗县区的重点水利工程的建设管理；负责全市水利工程建设质量监督工作；组织指导全市水库、重点水利工程的安全监管等工作；承担市抗旱防汛指挥部办公室的日常工作。

（五）农牧水利科

贯彻执行国家、自治区关于农村牧区水利工作的方针政策、发展规划及有关技术规范和标准；拟定全市的相关政策、规划和标准并组织实施；指导全市农田草牧场水利基本建设；农村牧区水利社会化服务体系建设；组织指导全市抗旱工作；组织拟定大中型灌区规划和建设管理；指导全市农村牧区人畜饮水和防氟改水工作；指导全市乡镇供水工作；组织实施全市农村牧区节水工作；负责全市小水电规划、建设和管理。