根据上述职责，宣城市科学技术局设3个内设机构：

（一）办公室

承担机关文电、会务、机要、档案、财务及国有资产的管理、保密、政务公开、督查督办、安全保卫和信息信访；机关和二级机构单位的机构编制、人事管理；组织重大调研、拟订科技人才队伍建设的政策措施；拟订科技发展政策；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；会同有关方面推进科技体制改革；参与拟订科技投入政策和科技经费管理办法；负责科学仪器协作共用等科技条件工作；负责机关离退休人员的服务管理工作，负责机关和直属事业单位的党群工作；承担科技宣传与新闻信息发布工作。

（二）高新技术管理科

组织拟订科技发展规划和年度计划，负责归口管理科技经费的预算决算并监督执行；提出科技计划经费配置建议，协调规划和计划的实施；组织拟订科技重大专项工作计划，协调解决有关问题；承担相关科技评估管理和科技统计工作；承担市国防科技动员办公室的日常工作；提出科技基础条件平台建设和科研条件保障的规划和政策建议；会同有关方面提出科技资源合理配置的政策和措施建议；拟订相关领域高新技术发展及产业化的规划和政策；组织实施相关领域科技攻关计划和政策引导类科技计划；推动高新技术产业化相关技术服务体系建设。

（三）农村与社会发展科（行政审批科）

组织实施市软科学研究计划，会同有关方面组织拟订促进产学研结合和科技知识产权创造的相关政策措施。拟订全市科普工作规划和政策；拟订全市促进应用基础研究发展的规划和政策措施；拟订科技促进农村发展的规划和政策。组织实施市重点实验室建设；承担科技奖励工作。承担对外科技合作与交流工作；拟订对外科技合作的政策措施；组织实施对外科技合作计划；承办对外科技交流的相关事宜。承担技术出口与保密审查以及技术引进、消化、吸收、创新有关工作；组织实施相关领域科技攻关计划和政策引导类科技计划；拟订促进技术市场发展政策。推动农村科技进步；指导相关重大科技成果应用示范。拟订社会发展领域的科技发展规划和政策措施；组织实施相关领域的科技计划；承担促进生物技术发展及产业化工作；会同有关方面推进区域创新体系建设。负责行政许可和非行政许可审批事项办理；负责行政审批事项的咨询、项目申报要件材料审查、行政审批项目的受理和办理结果的反馈工作；负责行政服务中心服务窗口的日常工作。机关纪检（监察）按照《市纪委市委组织部 市编办 市监察局关于对市纪委监察局派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。