市疾控中心主要职责：负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究等职能。

市疾控中心设有办公室、信息（业务）管理科、流行病科、计划免疫科、性病艾滋病科、血吸虫病地方病科、慢性病科、卫生监测科、检验科、职业病预防管理科、药品器械科、应急办、职防住院部、预防接种门诊等科室。

市疾控中心先后取得了省级实验室资质认定、职业病诊断、职业健康检查、职业卫生技术服务、艾滋病抗体检测筛查中心实验室、艾滋病抗体检测确证实验室等资质。