学校1990年成立学校党委，实行党委领导下的校长负责制，设有党办、行办、教务处、政教处、总务处、保卫科、教研中心、工会、团委、少先大队。领导设置：党委书记1人，校长1人，副校长2人，工会主席1人，党办、行办主任1人，副主任1人，教务处主任1人，副主任2人，政教处主任1人，副主任1人，总务处主任1人，保卫科长1人，教研中心主任2人，团委书记1人，副书记兼少先大队辅导员1人。

学校创建于1955年，是首批命名的自治区三所重点中学之一，积累了丰富的办学经验，是昌吉州教育事业的优质教育资源。2001年被自治区命名为区级"普通高级中学示范学校"，又先后荣获“全国教育系统网络示范学校”、“全国中小学信息技术教育德育先进学校”、“国家级德育课题研究实验先进学校”，自治区“依法治校示范学校”、“绿色学校”等诸多荣誉，连年被评为综合治理先进单位 昌吉州第一中学是1962年和1984年先后两次被自治区命名的自治区重点中学，1999年又被自治区首批命名为普通高级中学示范学校。是全国绿色学校和国家教科所构建德育体系的实验学校。

学校很重视教学研究和改革，成立学校教育教学研究中心，定期编印《州一中教育教学研究》校内学术刊物，交流教改经验，推荐优秀论文，仅2002年学校教研推荐在州级以上报刊发表的论文有91篇，其中国家级8篇，自治区级38篇，地州级45篇。狠抓教学管理，建立校长室、教务处、教研组、年级组教学管理体系，设立严格的检查反馈系统，高考、中考升学率一直居全州榜首，高考升学率1996年68%，1997年74%，1998年78%，1999年80·4%，2000年82%，2001年84%，2002年87·3%，中考连续四年各科平均成绩和600分以上总人数居全州第一。