1953年，从建阳专区农校调整出森林科，福州、龙岩农校森林科合并成立福州林业学校。

1956年，福州林业学校迁南平，更名为“福建南平林业学校”。

1958年9月至1959年9月期间，更名为“福建林学院中学部”、“福建林学院中专部”、“福建林学院附属林校”。

1961年，恢复为福建省南平林业学校，并定为省重点中专学校。

1963年9月，学校正式更名为“福建林业学校”。

1969年底，福建林业学校撤销停办。

1974年，福建生产建设兵团撤销，兵团所属的各林业团由福建省林业厅接收，福建林业学校在同年复办。

1980年，学校被列为全国重点中专。

1990—1993年，学校先后通过林业部和福建省教育厅组织的专家评估，获得“林业部优秀中等林校”、“国家级重点中专”等光荣称号。

2003年2月，经过福建省教育厅组织的省专家组检查评估，福建省高等教育设置委员会专家投票通过，福建省政府批文同意“在福建林业学校的办学基础上设置福建林业职业技术学院”。

2008年，被确定为“福建省示范性高等职业院校”。

2010年，被确定为“国家示范性骨干高职院校”。

2015年，被确定为“福建省示范性现代职业院校”。

2019年10月，通过教育部现代学徒制第一批试点单位验收。

2023年12月26日，福建林业职业技术学院圣农产业学院揭牌。

2024年12月19日，福建林业职业技术学院大数据与信息服务产业学院正式揭牌。