根据上述主要职责，大理白族自治州商务局设8个职能科室：

（一）大理白族自治州商务局办公室(1正2副)

综合协调局机关日常政务，负责机关后勤服务工作，负责局离退休人员的管理工作，制定内部管理制度并组织实施；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责公文管理、办公自动化和政务信息；负责文秘、机要、保密、信访、收发、档案、通信、计生工作；负责局机关人事、工资管理工作；负责省下达的各项专项资金和局各项财务的管理及局固定资产的管理工作；承办人大、政协的议案、提案工作。

（二）大理白族自治州商务局政策法规科(1正1副)

负责贯彻实施国家、省利用外来投资、内外贸易、经济技术合作与交流的方针、政策和法律、法规；研究拟定全州招商引资、内外贸易、经济合作、利用外来投资政策、法规、措施及管理办法；负责局法规性文件的拟定；负责全州现行政策、措施的完善、修订工作；组织调研工作；负责办理行政复议、行政诉讼、应诉和行政赔偿案件；配合有关部门参与重大经贸协议、合同、章程和重大争议案的研究与协调；研究制定全州招商引资目标责任制、奖励制、委托代理招商规定、项目推进责任制、跟踪问效制、督察制、评议制和考核办法的实施细则；负责利用外来投资、内外贸易、经济技术合作与交流的政策法规的培训工作和法律咨询。