档案接收征集部：

主要负责进馆档案的接收；负责政府公开信息的接收；负责档案、资料征集工作及本市有关重大活动、重要会议、重大事件的拍摄、录制及初期整理等工作。

档案保管部（电子档案保管部）：

主要负责进馆档案的入库和管理工作、定期对馆藏档案实体保管状况进行调研；负责制订馆藏档案抢救计划和提供需抢救修复的档案；负责档案利用的调归卷和档案实体的安全保管工作。

档案整理编目部：

主要负责馆藏中外文档案资料的整理编目；负责建立档案资料检索体系；负责为领导机关交办的专项任务提供档案资料及完成相关的整理工作；负责馆藏档案的开放或控制使用范围的鉴定工作；负责馆藏档案价值鉴定和等级划分；负责馆藏特藏档案的初步筛选，并对特藏档案进行深度著录等工作。

档案利用服务部（社会教育部）：

主要负责档案资料查阅的接待服务工作；接受档案利用咨询；做好档案利用信息的收集、统计、分析和反馈；负责政府公开信息查阅、市政府信息依申请公开受理、负责社会教育的综合筹划、展览陈列、参观接待、各种教育基地的管理、开发档案文化产品等工作。

档案史料编研部：

主要负责档案信息资源开发、档案宣传和档案史料研究；对重点、热点问题的历史与现状开展调研并编辑有关档案信息简报。

档案保护技术部：

主要负责进馆档案的安全检查，包括进馆档案的消毒及其保护质量的检测；管理档案库房温湿度；修复馆藏破损档案，原貌复制馆藏重点保护档案；负责档案保护技术、档案抢救技术、档案复制技术、档案消毒技术和档案库房智能化等的研发工作。

档案信息技术部：

主要负责计算机网络、系统及软硬件设备的管理、维护、安全等工作；规划和设计档案信息资源库，承担数据管理、备份、安全工作；组织协调档案信息数据库的开发建设；做好局域网、公务网、因特网开发建设的技术支撑工作；承担各网站的日常安全管理工作。

行政处（保卫处）：

主要负责行政保卫工作。包括国有资产管理；局馆财务资金管理；局馆新建项目的申请、实施和管理；制订仙霞路馆、外滩新馆、科教大楼、松江佘山、安徽黄山档案后库的房屋及空调系统、水电气系统、有关公用设备、生活设施运行、维护、保养、检修及各类服务设施的修建计划并组织管理实施；负责制订和监督落实安全保卫的各项规章制度，对干部职工进行安全教育和培训；负责防盗系统、视频监控系统、消防报警系统、火灾灭火系统及余山后库、外滩新馆、科教大楼安全设施的正常运行和安全防范管理工作；负责防汛防台和应急事件的处置工作。

档案宣传部：

负责《上海档案》与《档案春秋》杂志的编辑、出版、发行工作。

上海市档案干部培训中心：

1、负责培训教学的组织实施、教师的聘用、安排和管理，学员培训期间的学习、活动等组织管理工作；

2、负责培训教务的组织实施，学习材料与资料的编辑发行、培训场所的协调与安排以及档案科教大楼的设备管理等工作。

上海市档案科技研究中心：

1、负责档案科研项目的研发任务；

2、负责档案科技成果和产品的推广工作；

3、负责档案现代化建设的技术服务等工作。