1988年，中国东方航空股份有限公司前身中国东方航空公司成立。

1957年1月，原民航上海管理处筹建成立上海解放后第一支飞行中队，该中队随后历经数次整合扩编和名称更迭。

1988年，按中国民航“政企分离”的管理体制改革方案，中国东方航空公司在该飞行队伍第5飞行大队的基础上组建成立，该队伍的其它分支先后划归新成立的中国东方航空公司。

1993年10月6日，中国东方航空集团成立，明确提出要把东航建设成“以航空运输为主，相关产业配套，多角化经营，全方位渗透的跨地区、跨行业的国际性航空集团”，除航空运输主业外，投资企业涉及广告传媒、旅游、宾馆、金融、期货、贸易、房地产、航空食品、设备制造等众多行业。

1994年12月31日以原东航上海总部和子、分公司整体改制为股份公司，其他没有关联的全资子公司及在合资企业中的全部股权从东航分立成为东方航空集团公司。集团公司作为唯一发起人以发起方式设立中国东方航空股份有限公司。

1997年2月4日、5日及11月5日，东方航空集团公司所属企业——中国东方航空股份有限公司分别在纽约证交所、香港联交所和上海证交所成功挂牌上市，被传媒誉为“中国航空概念股”，为中国民航发展史揭开了崭新的一页。1997年，东航还依法对原中国通用航空公司实施了兼并。

1998年8月，东航与中国远洋运输（集团）总公司联合组建中国货运航空有限公司。

2000年，在新世纪之初，在民航总局的领导下，东航主题鲜明地抓改革重组，在中国民航深化改革的热烈氛围中，积极拉开了东航、西北航、云南航联合重组的序幕，统一了三家的思想，完成了清产核算。

2002年10月11日，中国东方航空集团公司在北京人民大会堂宣告成立。中国东方航空集团公司（以下简称东航集团）是以原东方航空集团公司为主体，兼并原中国西北航空公司、联合原中国云南航空公司组建而成，是国务院国资委监管的中央企业，中国三大骨干航空运输集团之一。

2005年1月，东航首班台商包机航班从上海浦东机场起飞，成功首航2005台商春节包机，同年4月承担了连战参访台在大陆全程运输保障任务，受到了中共中央台办和国台办的高度评价。

2006年3月14日中国东方航空股份有限公司成为2010年上海世博会首家合作伙伴（航空客运）。东航选用空中客车a340-600型客机（注册号b-6055）推出彩绘涂装世博号飞机。

2009年以来，东航集团以全新姿态迎来新的发展，荣膺“中国民航飞行安全五星奖”、荣登《财富》杂志“最具创新力中国公司25强”，被国际品牌机构wpp评为“中国最具价值品牌50强”，并排名靠前，连续三年累计赢利过百亿，净资产回报率位列央企前列。

2009年，东航北京分公司正式运营。

2010年，东航四川分公司成立，基地成都双流国际机场。

2010年，2010年7月28日，中国东方航空集团公司与云南省政府在云南昆明举行揭牌仪式，正式宣布由东航集团所属东航股份有限公司与云南省国资委共同投资以东航云南分公司为主体组建的合资公司——东方航空云南有限公司进入实质性筹建阶段，自此政企合作掀开新的一页。

2011年6月21日正式加入天合联盟。

2012年3月26日，中国东方航空与澳洲航空公司旗下捷星航空签订谅解备忘录，在香港设立各占一半股权的廉航公司捷星香港（jetstar hong kong）将于2013年开始提供服务，先期共出资1·15亿美元，有可能增至1·98亿美元。

2014年9月29日上午，中国东方航空首架波音777-300er飞抵北京首都国际机场，华丽亮相。并且在新机型上喷绘了全新涂装。此架飞机于9月26日从美国西雅图飞抵上海，随即在上海、北京、广州三地进行静态展示。在第二架777-300er（b-2002）交付后的第二天，东航开启了上海—纽约的航线。

2015年8月，“中国东方航空”品牌入选由《中国品牌价值研究院》主办的“2015年中国品牌500强”榜单，排名56位。

2017年12月30日，中国东方航空集团公司完成公司制改制并领取新的《营业执照》，正式更名为中国东方航空集团有限公司。东航集团正式由全民所有制企业改制为国有独资公司。

2018年1月17日，东航发布关于《东航机上便携式电子设备使用规范》的公告，标志着东航率先按照中国民航局《大型飞机公共航空运输承运人运行合格审定规则》第五次修订、《机上便携式电子设备（ped）使用评估指南》相关要求，正式形成东航的“落地细则”。东航《公告》发布的同时，正式启用涉及的运行、服务及管理流程，搭乘东航实际承运航班的旅客可以使用手机、平板电脑（pad）、笔记本电脑、电子阅读器等便携式电子设备（ped）。

2022年7月1日，中国东方航空股份有限公司发布公告，中国东航向空中客车公司购买100架a320neo系列飞机，基本价格合计约为127·96亿美元。

2023年3月20日，中国东方航空股份有限公司发生工商变更，注册资本由约188·74亿人民币增至约222·91亿人民币。

2024年7月29日，据中国东航消息，东航第7架c919飞机b-919h（msn00013）将执行mu9006航班从浦东调机虹桥，正式加入东航机队。这是2024年交付的第3架c919飞机。

2024年10月31日，据空中客车消息，中国东航在德国汉堡接收其首架空客a321neo飞机。 11月12日，武汉直飞河内航线正式开通。这是东航首次开通武汉直飞越南航线，也是东航在武汉开通的第10条国际及地区航线。

2024年11月16日，中国东航第二架“亚冬号”主题彩绘机正式亮相，作为哈尔滨亚冬会官方航空服务合作伙伴，开启这架a330宽体彩绘机的“亚冬空中大使”全球首航之旅。

2024年11月23日消息，中国东方航空云南公司（简称“东航云南”）计划于12月1日起恢复执行昆明-上海浦东-大阪往返航班。

2025年1月14日起，东航江苏公司进一步加密南京直飞曼谷国际航线。1月15日起，东航江苏公司新增南京直飞胡志明市国际航线。1月19日起，东航旗下上海航空将开通“上海浦东-摩洛哥卡萨布兰卡”航线。2月21日起，将加密上海—利雅得直飞航线，从每周3班往返增至每周6班往返。

自2025年元旦开始，中国东方航空计划使用国产大飞机c919，执飞“上海虹桥—香港”往返航班，正式开启国产大飞机在地区航线的商业运营，东航也将成为首家使用c919在香港执飞定期商业航班的航空公司。

2025年年春运期间，东航云南计划执行航班近13000班次，日均航班量320余班，总飞行小时超3万小时。预计整个春运承运旅客约166万，日均人数近3·9万。

2025年1月15日，东航物流旗下东航冷链运营的首条欧洲生鲜定班包机航线——挪威奥斯陆—中国鄂州三文鱼包机航线正式开通。

2025年1月17日，中国东方航空股份有限公司开通南京-胡志明国际航线。

截至2025年1月24日，东航c919执飞的航线达10条，包括上海虹桥-北京大兴、上海虹桥-北京首都、上海虹桥-成都天府、上海虹桥-西安、北京大兴-西安、上海虹桥-广州、上海虹桥-太原、上海虹桥-重庆、上海虹桥-武汉、上海虹桥-香港。

2025年2月21日，中国东方航空股份有限公司与山东省机场管理集团在山东济南签署战略合作协议，围绕推动山东民航高质量发展、协同打造世界一流枢纽承运人，正式建立深层次、多领域的战略合作关系。

2025年2月23日，西安和马来西亚吉隆坡往返航线正式开通。2月28日，泡泡玛特与中国东航在北京大兴基地举办战略协议签约仪式。此次签约意味着泡泡玛特和中国东航正式开启了战略合作。

2025年3月，东航安徽分公司发布2025年安徽地区夏航季航班计划时刻表。较2024年冬航季，新增合肥至赣州、北海、敦煌航线。国际地区航线方面，新增太原-合肥-澳门航线，每周4班，周一、二、四、六执飞，保持合肥香港、合肥大阪每周4班，周一、三、五、日执飞，合肥新加坡每周3班，周二、五、日执飞。

2025年3月26日报道，3月30日起，东航将开始执行2025年夏秋季航班计划。拟新增青岛至喀什、西宁、西双版纳、大阪等航线，并加密青岛至广州、兰州航线，持续在青岛地区推进“四梁八柱”网络建设，着力打造青岛连接重点城市的商务旅游干线。3月30日，东航山东分公司优化调整济南航线网络，新增济南至大连、长沙、哈尔滨等航线。3月28日，中国东航披露，其c919飞机将在3月30日新航季换季首日，开始执飞2条新的定期商业航线：上海虹桥—沈阳航线、西安—广州航线。

2025年4月3日起，东方航空将推出“山东区域通”产品：持有东方航空机票的旅客航程临时发生变化，可以在原航班起飞前4小时（含），在规定时间段内自由更换山东省内10个出发（到达）机场。4月15日，东航将新增青岛——大阪航线。

当地时间2025年4月1日，东航“昆明—琅勃拉邦”航线首航成功。4月28日起，东航正式开通上海浦东——阿联酋阿布扎比直飞航线。东航作为首家执飞此航线的中国航司，将与阿提哈德航空开启联营合作。

2025年4月21日消息，在文化和旅游部举办的2025年“5·19中国旅游日”主题月期间，东航筹备51·9万套特惠机票和10万套免费中转过境旅游产品，在多条航线推出“5·19中国旅游日”国产大飞机c919等主题航班。

2025年4月，东航在上海—青岛往返航线推出“宠物进客舱”服务。这一服务限定于经济舱指定区域。4月29日，中国东方航空正式开通长春⇌大同⇌合肥航线。4月30日，上海博物馆与中国东方航空集团有限公司联合宣布，以中国古代艺术为主题的宽体彩绘飞机——“上博号”正式启航，这也是世界首个飞越全球的“空中博物馆”。

2025年5月1日，中国东方航空股份有限公司成功开启上海至日喀则直飞航线的首航，实现了两地直飞通航的突破。该航线每周四、日执飞，成为西藏支线机场连接上海的首条直达空中通道。此外，公司还计划配合新航线推出上海援藏入境旅游包机，进一步促进沪藏旅游交流与合作。5月7日，据东航消息，东航联合虹桥机场、国航推出“上海虹桥—北京首都”往返快线的跨航司自愿签转服务，为旅客提供不同航空公司执飞航班间的签转服务。5月8日，据东航消息，东航将于6月16日起新开上海浦东—日内瓦航线，于6月20日起新开上海浦东—米兰航线，于7月17日起开通上海浦东—哥本哈根航线，3条新航线机票均已开放销售。5月11日，东航青岛直飞喀什航线开航。5月16日，中国东方航空股份有限公司与秦始皇帝陵博物院签署框架合作意向书，标志着双方“航空+文旅”创新合作模式正式启动。5月18日，国产大飞机c919正式投入上海虹桥—深圳直达往返航线运营，成为东航c919客机开通的第13条定期商业航线。5月18日11时30分左右，东航机号为b-657t的国产大飞机c919执行mu5331航班，搭载着161名旅客抵达深圳机场，这也是深圳机场首次迎来国产大飞机c919。5月，中国东航与文旅部中外文化交流中心签署战略合作协议，此次合作标志着中国东航正式成为“你好！中国”入境旅游伙伴计划成员。5月22日，东航在安徽开通首条定期欧洲货运航线。5月29日，中国东方航空执飞的mu878次航班从新西兰奥克兰飞抵杭州，这是东航在杭州空港口岸开通的首个国际通程航班。7月4日，东航开通上海—阿拉木图国际航线。截至5月25日，东航c919国产大飞机已执飞上海虹桥至成都天府、上海虹桥至北京大兴、上海虹桥至北京首都、上海虹桥至西安、北京大兴至西安等14条精品航线，通达12座城市，形成“东西贯通、南北联动”的商业运营格局。6月4日消息，中国东方航空发布通知称：2025年6月5日（含）起国内航线800公里（含）以下航段免收燃油附加费。6月9日消息，自7月1日起，烟台机场将正式恢复烟台至日本东京客运航班，该航班由东方航空公司执飞，机型为a320。6月10日消息，自6月24日起，“西安—伊斯坦布尔”直飞航线即将开通。6月16日1时41分，中国东方航空公司的mu217航班载着243名乘客从上海浦东国际机场起飞前往瑞士日内瓦国际机场，上海首条直飞日内瓦航线正式开通。

2025年6月18日，中国东航与奥克兰机场签署协议，将在2025年12月开通从上海出发，经新西兰奥克兰中转，飞往阿根廷布宜诺斯艾利斯的商业航班。6月20日消息，东航上海—米兰航线首航，每周中意往返航班量增至46班。6月24日凌晨，东航mu5025航班载着252名乘客从西安咸阳国际机场起飞，标志着西安至伊斯坦布尔直飞航线正式启航，该航线是西安咸阳国际机场首条直飞土耳其的国际航线。6月29日起，东航云南将正式恢复昆明至曼德勒往返航线，该航线由波音b737执飞，航班号mu2029/mu2030。6月27日，东航运营的c919客机数量达到11架，都将于2025年暑期投入商业运行。7月1日起正式推出“宠物进客舱”个性化服务。新增16条宠物专属航线，航线总数达到17条，为养宠家庭打造“人宠同乘”的航空出行新范式。升级后，东航“宠物进客舱”服务覆盖上海-北京、上海-深圳、上海-广州、上海-济南、上海-太原、上海-南昌、上海-鄂尔多斯、上海-青岛、上海浦东-合肥、青岛-宁波、青岛-太原、青岛-合肥、广州-北京大兴、深圳-北京大兴、宁波-北京大兴、合肥-北京大兴、重庆-常州等17条航线。

2025年7月1日上午，东方航空烟台直飞东京客运航线复航。7月，东方航空新增长春—西安—敦煌航线航班。7月4日，中国东方航空股份有限公司福州基地揭牌启用；东方航空上海至阿拉木图直飞航线正式开通。7月8日，东方航空南京直飞巴黎航线开通。7月10日，中国东方航空与长春龙嘉国际机场共同宣布，“上海—长春”航线正式升级为“空中快线”。7月11日，东航“上海—熊本”航线成功首航。7月15日起，东航由武汉飞往东京、曼谷、新加坡、吉隆坡和香港等地的10条国际及地区航线通程业务全面开通。当地时间7月16日，中国东方航空股份有限公司西安至塔什干直飞航线正式开通并成功首航。7月17日，上海—哥本哈根”航线正式开通。7月23日，中国东航旗下东航物流与欧洲马场全方位运输开通。7月24日，中国东方航空股份有限公司长春基地正式揭牌。