2000年7月，网站诞生于黑龙江哈尔滨，开启个人站长时期。

2002年5月，丁香园论坛正式成立，5月正是丁香花盛开的季节，不经意间这样一种普通的花成了一个未来几年里文献检索知识传播和生物医药学网站中最响亮的名字。

2003年8月丁香园独立主机投入使用，生命科学专业建设，纯学术的交流被确立为丁香园的灵魂。

2005年11月，迁址浙江杭州。

2007年，上线医药生物求职招聘服务丁香人才 。

2010年1月获得dcm的200万美元a轮投资，并入驻杭州高新区（滨江）获得杭州市政府设立的创投引导基金投资。

2011年6月，面向专业用户的移动app「用药助手」上线，布局移动互联网。

2012年6月，面向大众及患者的药品信息工具「家庭用药」app上线，后更名为「丁香医生」。

2013年起，丁香园加快扩张步伐，推出多款医药类 app。

2015年7月，布局线下市场，首家丁香诊所在杭州开业。

2016年3月，丁香医生在线付费问答服务上线。

2017年初，礼来中国、 腾讯和丁香园宣布，共同开发推出糖尿病关爱和支持项目——“礼来糖尿病优行关爱项目”。三家同时宣称，这是“在糖尿病领域达成业界独有的战略合作”。

2017年3月，正式对外发布 saas 模式的诊所管理系统「丁香云管家」。

2017年3月，与银川市政府签约，正式获得互联网医院资质，进驻银川智慧互联网医院基地。

2018年1月，定位为“丁香园旗下临床医生在线教育平台”的丁香公开课正式在丁香园app上线。丁香公开课从2016年8月pc端上线以来，已经有超过150万用户在该平台上学习了100万+小时。

2019年1月，丁香园与《健康报》社宣布签署战略合作协议，就内容制作、行业服务、产品运营等方面开展深度合作。会上双方共同发布了《2019 国民健康洞察报告》。

2019年，从旧愿景「健康更多，疾病更少」更新为新愿景「健康更多，生活更好」。

2020年12月28日，数字医疗健康科技企业丁香园宣布完成5亿美元融资。

2021年11月18日，丁香园正式宣布旗下面向企业端的数字营销服务今后将以独立品牌形式运营，品牌名为dmc（dxy marketing center），昵称“大麦茶”。同时宣布丁香园疫苗服务平台正式入驻丁香医生app，将直面用户提供疫苗预约服务。