东坑医院前称是东坑联合诊所，成立于1952年3月，诊所设在东坑旧市，分诊所设在东坑新市和丁屋村。

1958年9月1日，正式改名为东坑医院。

1968年，搬迁到井美的龙眼窟，占地面积700平方米。

2000年12月，东坑医院被市绿委会评为“园林式单位”并挂牌。

2001年6月，被市人民政府评为“无毒单位”并挂牌。

2002年2月，东坑医院被东莞市委市政府评为“文明单位”。

2003年，东坑医院成功创建市“巾帼文明岗”。

2005年，东莞市政府授予东东坑医院文化建设“达标医院”；同年12月被评为文化建设“先进医院”；5月16日征集东坑医院院徽、院歌《约定》。

2006年东坑医院创建省“巾帼文明岗”；7月7日东坑医院属副科级单位，设六个股级职能部门。

2009年4月，医院妇产科荣获“全国巾帼文明岗”，并筹备建设新住院楼。

2010年3月，东坑医院荣获广东省“三八红旗集体”。