1997年7月，恩施土家族苗族自治州博物馆被州人民政府命名为“州级爱国主义教育基地”。

2001年，恩施土家族苗族自治州博物馆被共青团中央授予“全国民族地区青少年爱国主义教育工作先进单位”。

2003年5月，恩施土家族苗族自治州博物馆经国家文物局、公安部批准为第三批“国家一级风险单位”。

2004年4月，恩施土家族苗族自治州博物馆被国家财政部、国家文物局确定为“国家重点博物馆”。

2005年，恩施土家族苗族自治州博物馆被湖北省文物局和湖北省公安厅评为“全省文物安全工作先进集体”。

2006年，恩施土家族苗族自治州博物馆被湖北省人事厅、湖北省文化厅联合表彰为“全省文化工作先进集体”。

2007年1月，恩施土家族苗族自治州博物馆被湖北省人事厅、文化厅联合表彰为“全省文化工作先进集体”；6月8日，恩施土家族苗族自治州博物馆被国家文物局表彰为“全国文化遗产保护工作先进集体”；12月，恩施土家族苗族自治州博物馆被国家民委评为第二批“全国民族团结进步教育基地”。

2009年5月，恩施土家族苗族自治州博物馆被国家文物局评为“国家三级博物馆”；

2009年12月，恩施土家族苗族自治州博物馆被湖北省人力资源和社会保障厅、省文化厅、省移民局联合表彰为“三峡库区文物保护先进集体”。

2011年8月16日，恩施土家族苗族自治州博物馆被共青团湖北省委命名为首批“湖北省红领巾实践教育基地”。

2011年12月，恩施土家族苗族自治州博物馆被湖北省文物局授予 “中国文化遗产日与博物馆日活动优秀组织奖”。

2012年2月，恩施土家族苗族自治州博物馆获全省文化系统“优质服务窗口”称号。

2012年7月，恩施土家族苗族自治州博物馆荣获“湖北省民族团结进步教育示范单位”称号。

2013年5月，恩施土家族苗族自治州博物馆被国家文物局评为“国家二级博物馆”。

2014年3月，馆社教游客服务中心被恩施州城乡妇女岗位建功活动领导小组授予"恩施州巾帼示范岗"荣誉称号。

2014年5月，恩施土家族苗族自治州博物馆荣获"首届湖北省博物馆进校园活动十佳单位"。

2014年5月18日，《武陵足音》陈列荣获第十一届（2013年度）全国博物馆十大陈列展览精品优胜奖。

2014年7月，馆党支部被评为"州直机关工委先进基层党组织"。

2015年，馆社教游客服务中心先后被授予“恩施州杰出青年文明号”、“湖北省巾帼文明岗”荣誉称号。

2017年7月，恩施州博物馆被湖北省文物局表彰为“全省第一次全国可移动文物普查突出贡献单位”。

2017年12月，恩施州博物馆被恩施州委组织部、州委宣传部、州发改委、州教育局、州科技局、州财政局、州农业局、州科协8家单位联合表彰为“恩施州‘十二五’科学素质工作优秀组织单位”。

2017年12月，恩施州博物馆在“砥砺奋进 绿色崛起—恩施州喜迎十九大经济社会发展成就图片展”工作中，被恩施州委宣传部表彰为特别贡献奖。

2018年4月，恩施州博物馆被恩施州环保局、恩施州教育局联合命名为“恩施州首批中小学环境教育社会实践基地”。

2018年12月4日，恩施州博物馆被湖北省生态环境厅纳入湖北省第二批中小学环境教育社会实践基地名单。

2019年，荣获“2019年度湖北省文博系统‘十佳’社教团队”。

2019年，《经纬大千——中国土家族西兰卡普主题展》在第三届（2018年度）湖北省博物馆、纪念馆六大陈列展览精品推介活动中获优胜奖。

2020年5月，获评湖北省文博系统抗疫期间“优秀线上教育案例”。

2021年2月，被湖北省民宗委命名为“全省民族团结进步示范单位”。

2021年5月，《恩施记忆》在第五届湖北省博物馆、纪念馆六大陈列展览精品推介活动中获精品奖。

2022年5月，入选第五批湖北省爱国主义教育基地名单。

2024年5月18日国际博物馆日，恩施土家族苗族自治州博物馆获评第五批国家一级博物馆。