（一）办公室。负责机关日常运转工作。承担文电、会务、信息、安全、综治、保密、信访、机要、档案、政务公开、新闻宣传等工作。

（二）综合科。组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析，承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作。拟订生态环境保护年度目标和考核计划。负责监督生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况。承担生态环境保护督察组织及协调工作。承担生态环境监测网建设和管理工作。组织开展温室气体减排监测、污染源监督性监测、应急监测，调查评估全市生态环境质量状况并进行预测预警。

（三）人事教育科。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作。负责生态环境保护系统人才队伍建设。承担生态环境行政体制改革有关工作。

（四）法规科。组织起草生态环境保护地方性法规、市政府规章草案。承担本部门有关规范性文件的合法性审查工作。承担机关行政复议、行政应诉等工作。拟订并组织实施生态环境损害赔偿、环境信用体系建设等制度。

（五）财务科。承担生态环境领域固定资产投资和资金项目管理相关工作。承担机关和所属单位财务、国有资产管理、内部审计工作，负责预决算绩效管理工作。

（六）自然生态保护科。指导生态示范创建。承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。

（七）水环境科。指导和监督水生态环境质量保护与考核，组织实施水体断面水质考核制度。指导入河排污口设置和水污染源排放管控工作。会同有关部门编制全市重点流域水生态环境规划和水功能区划并监督实施。负责重点流域、饮用水水源地水生态环境保护监管工作。参与推动长江大保护和长江经济带发展有关工作。

（八）大气环境科。负责大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，组织实施大气环境质量改善目标落实情况考核制度，负责拟订重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。承担区域大气污染联防联控工作。负责应对气候变化工作，牵头承担市履行联合国气候变化框架公约相关工作。组织实施清洁发展机制工作。

（九）土壤环境科。负责土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理。组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。

（十）固废与核辐射管理科。负责固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，组织实施固体废物跨市转移、危险废物经营许可等环境管理制度。负责核与辐射安全监督管理工作，承担核安全工作协调机制有关工作，组织开展核与辐射环境监测，承担辐射环境事故应急工作。

（十一）环境影响评价与排放管理科（行政审批科）。承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作。承担排污许可综合协调和管理工作。拟订生态环境准入清单并组织实施。承担本部门行政审批相关工作。

机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。

离退休干部科。负责离退休干部工作。