一、检察一部

负责危害国家安全、危害公共安全、侵犯公民人身民主权利、侵犯财产、妨害社会管理秩序（破坏环境资源保护犯罪案件除外）和危害国防利益犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、立案监督、侦查活动监督、审判监督和羁押必要性审查等刑事检察工作。

二、检察二部

负责贪污贿赂、渎职、破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、侦查活动监督、审判监督等刑事检察工作；负责涉及食品药品安全（公益诉讼除外）、知识产权保护、防范和化解金融风险、行政执法与刑事司法衔接、打击侵犯知识产权和制售假冒伪劣商品等专项工作。

三、检察三部

负责民事行政诉讼监督、民事行政执行活动监督和民事行政诉讼监督中的司法救助等工作。

四、检察四部

负责刑罚执行监督、监管活动监督、刑事措施执行监督等工作。

五、检察五部

负责辖区环境资源刑事案件。内设长江生态检察官办公室，负责破坏环境资源保护犯罪案件的提前介入引导侦查取证、审查逮捕、审查起诉、提起公诉、出庭支持公诉、刑事附带民事公益诉讼、立案监督、侦查活动监督、审判监督、民事行政检察监督、“两法衔接”等工作；与区生态环境、自然资源、水行政、林业、农业农村等相关部门协调、联系长江生态环境保护工作。设置专门的办案组负责公益诉讼案件办理。

六、检察六部

负责未成年人刑事案件和侵害未成年人人身权利刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭公诉、诉讼监督等工作案件；开展未成年人刑事执行检察、民事行政检察业务统一集中办理工作；负责未成年人犯罪预防和综合治理工作。

七、检察七部

负责案件管理、法律政策研究、检委会办公机构日常工作、人民监督工作以及控告申诉举报事项受理、刑事申诉案件办理、国家赔偿案件办理等工作。

八、办公室

负责行政事务、财务后勤等工作。

九、政治部

负责政工党务、离退休干部服务管理、检务督察、宣传教育等工作。

十、检务保障部

负责本院技术保障及警务保障等工作。

十一、驻区公安局执法办案管理中心检察室

负责对公安机关在执法办案管理中心办理的刑事案件开展立案和侦查监督，同时接受业务咨询，提供法律指导。