阜阳航空溯源于1935年。1935年8月，国民政府在阜阳修建九里沟机场，抗日战争爆发后，因机场距蚌埠过近而废弃；1944年春，又在阜阳城南（今阜南县境内）地里城附近李家集修建机场，1945年被水淹而废。

1957年9月，安徽省人民政府为改善皖北交通状况，发展地方航空运输事业，选址在阜阳城西4公里双谷堆修建西关机场，1958年2月成立阜阳航空站，2月28日首航，3月3日合肥至阜阳航线开通，每周执行三班，是安徽省内首条地方航线。

1992年6月，中共阜阳地委、阜阳行署为改善投资环境，促进阜阳和皖西北地区的经济社会发展，以扩建名义选址在城西南9公里处新建阜阳机场，时称“移址扩建”。1994年12月开工建设，1996年9月，成立阜阳民用航空中心，原西关机场人财物移交阜阳民用航空中心。1998年12月26日机场建成通航，当日首飞阜阳—武汉航班。新机场各类设施设备齐全，净空条件优良；跑道长2400m，设一条垂直联络道，飞行区指标4c级；机坪面积27000㎡，4个停机位；航站楼面积7200㎡，停车场面积17000㎡；可满足波音737、空客320等以下机型全天候起降。