市医疗保障局设5个内设机构、3个下属事业单位：

（一）办公室

负责局机关日常运转，承担安全、保密、宣传、信息、信访、机关财务、政务公开和对外合作交流等工作。组织拟订全市医疗保障工作规划。承担机关和直属单位预决算、资产管理、内部审计、统计管理等工作，推进医疗保障信息化建设。负责机关和直属单位的党群工作。承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、教育培训和队伍建设等工作。

（二）待遇保障科

组织开展医疗保障政策的综合研究并组织实施。贯彻执行省医疗保障筹资政策，制定合理的待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。组织编制全市医疗保障基金预决算草案，统筹推进多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织开展医疗救助。根据省长期护理保险制度改革方案，制定全市具体实施办法。

（三）医药服务管理科

贯彻执行全省城乡统一的医保目录，制定合理的支付标准，建立动态调整机制，贯彻执行省级医保目录准入谈判制度。制定定点医药机构协议和支付管理办法并组织实施，贯彻执行并完善异地就医管理、服务和费用结算政策。组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。

（四）医药价格和招标采购科

在省医疗保障部门的指导下，拟订全市药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施，建立价格信息监测和信息发布制度。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，指导全市医疗卫生机构药品、医用设备、医用耗材集中采购的监督管理工作，推进药品、医用耗材招标采购平台建设。

（五）基金监管和法规科

贯彻执行国家和省医疗保障基金监督管理办法。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围内医药机构的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务。受理医疗保障领域的投诉举报，依法查处违法违规行为。起草有关医疗保障的规范性文件草案，承担机关规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。

（六）阜阳市医疗保障基金管理中心

落实国家、省、市医疗（生育）保障政策，制定并组织实施全市医疗保障业务经办规程、内控制度。负责全市医疗保障基金预决算、支付、会计和统计等工作。负责全市医保定点医药机构协议管理工作。负责市直职工医疗（生育）保险业务经办工作。指导县（市、区）医保经办工作。完成市医疗保障局交办的其他工作。

（七）阜阳市医疗保障信息中心(阜阳市异地就医管理中心)

负责医疗保障信息系统和各类信息平台建设运行维护工作。提供医疗保障数据分析、监测和服务。落实医疗保障异地就医政策，承担全市异地就医费用结算、异地就医稽核和监测预警工作。

（八）阜阳市医疗保障基金安全监管事务中心

负责监督管理纳入医保支付范围内医药机构的医药服务行为和医药服务费用。建立健全医疗保障基金安全防控机制。受理医疗保障领域的投诉举报，协助主管部门查处违法违规行为。完成市医疗保障局交办的其他工作。