阜阳市人民政府办公室下设19个内设科室：

1、市政府总值班室

2、市政府综合调研室

3、秘书一科

4、秘书二科

5、秘书三科

6、秘书四科

7、秘书五科

8、秘书六科

9、市政务公开办公室

10、电子政务科（市长热线电话办公室）

11、政务信息舆情科

12、政策法规科

13、文秘科（保密办）

14、会务科

15、外事科（港澳事务科）

16、“放管服”改革和营商环境监督科

17、人事科

18、行财科

19、保卫科