根据上述职责，甘南州民族事务委员会设6个内设机构。内设机构均为科级。

（一）办公室

协助委领导处理日常事务工作；负责机关政务、事务的综合协调和督办。组织起草有关会议的报告文件；承办机关文秘、信息、督查、档案、信访、接待、保密、提案、议案等工作；负责机关财务、国有资产管理及后勤服务工作和委机关机构编制、人员工资、学习培训、考核管理工作。

（二）政策法规科

协同有关部门督促检查民族区域自治法及地方法规的贯彻实施；参与制定有关民族问题的政策和法规。开展民族政策及相关法律、法规的宣传教育和培训工作；负责审查公民民族成份的变更事宜；负责审核涉及少数民族内容的公开出版物、音像制品等；办理有关涉及少数民族权益和协调民族关系方面的事务；协调开展民族团结进步创建活动；承担行政复议工作。

（三）经济发展科

参与制定全州经济发展中长期规划。管理有关少数民族和民族地区的专项资金、少数民族扶持发展资金，参与全州扶贫工作；会同有关部门制定全州少数民族和民族经济发展的特殊政策、措施；协调制定发展民族贸易民族用品优惠政策并组织实施；筛选申报民族贸易民族用品定点企业；协调组织经济发达地区有关部门与我州的横向联系和对口支援。

（四）社会事业科

研究和参与制定全州民族教育、民族文化和卫生等社会事业的有关政策、法规和规划；参与民族科技、文化、体育、卫生、计划生育、广播电视等方面的工作及民族方面的新闻宣传工作；协助开展少数民族专业技术人才培养管理工作；参与管理有关民族文化方面的出版物，协调或参与民族文化艺术交流、少数民族传统体育运动会的筹办和对外宣传工作。

（五）监督检查科

承担民族法律法规和民族政策执行情况的督促检查；协调指导、督促检查民族区域自治法和自治条例的贯彻落实工作；研究民族关系中重大突发事件的预警、应急机制问题，承担有关协调处理工作；负责建立和完善少数民族事业发展综合评价监测体系；协调处理民族关系，研究提出工作建议；推进实施民族事务体系和民族事务管理信息化建设。

（六）清真食品管理科

负责贯彻落实《甘肃省清真食品管理条例》和《甘南藏族自治州贯彻执行<甘肃省清真食品管理条例>的实施意见》，监督管理清真食品生产、加工、经营，依法保护食用清真食品的少数民族群众的合法权益，会同有关部门依法打击假冒清真食品。负责清真标志牌的发放工作。承办涉及清真食品有关事宜。