2008年，甘肃省审计厅在宁卧庄宾馆召开全省内部审计“双先”表彰暨经验交流会议，甘肃省教育厅审计处被省审计厅授予2005年至2007年全省内部审计先进单位荣誉称号。

2011年，中共甘肃省直属机关工委召开甘肃省直属机关首届道德模范表彰大会，省教育厅基教处何馨芳同志荣获了“敬业奉献模范”荣誉称号。

2012年，省教育厅荣获省直机关“颂歌献祖国 喜迎十八大”文艺汇演优秀节目奖。

省教育厅荣获“2014年度全省维护稳定工作先进单位”。

甘肃省教育厅在全国首届高校“校园好声音”大赛上荣获优秀组织奖。

由中国教育报、中国教育新闻网主办的第四届全国教育改革创新典型案例推选颁奖暨创新成果展示活动12月26日在京举行。甘肃省教育厅报送的《发挥教育精准扶贫在扶贫攻坚中的先导性作用》入选教育改革创新典型案例，并荣获“第四届全国教育改革创新特别奖”。

在2016年2月25日召开的全省党政机关“两好两促”专项行动总结会上，甘肃省教育厅被甘肃省委职务犯罪预防工作领导小组评为省直机关“预防职务犯罪先进单位”，厅监察室主任赵振文、政策法规处副处长牛科举、省教材中心主任李博3名同志被评为全省党政机关“尊法学法守法用法模范”。

2016年，省关工委、省文明办、省人社厅表彰甘肃省教育厅财务处为“全省关心下一代工作先进集体”。省人社厅和省财政厅表彰在全省经济社会建设中做出突出贡献的会计工作先进集体，经逐级评选推荐，甘肃省教育厅财务处荣获“甘肃省会计工作先进集体”称号。

省教育厅在2015年度全省落实人口和计划生育工作目标管理考核中获一等奖。

省教育厅荣获2011-2015年全省法治宣传教育先进集体。

甘肃省教育厅荣获省财政厅2016年地方政府采购信息统计工作先进单位。

省教育厅双联行动临潭工作组（省教育厅民教处、省电教中心）双联工作得到了临潭县委、县政府充分肯定，工作组荣获临潭县“2016年度全县联村联户为民富民行动民心奖”。

2017年，教育部基础教育质量监测中心发出通知，对在2017年国家义务教育质量监测工作中组织严密、作风扎实、表现优异的单位进行了通报表彰。甘肃省教育厅被授予“省级优秀组织单位”荣誉称号。

在2017年1月19日中国教育学会教育新闻宣传分会举办的“2017教育政务新媒体年会”上，甘肃省教育厅因微博和微信等新媒体表现突出，荣获“2017年度教育政务新媒体优秀奖”，同时获得教育类新媒体热门微信文章top10榜首。

2018年1月22日，全省讲师团工作会议在兰州召开。会上，省委宣传部和省委讲师团对理论宣讲工作突出的26家单位和26名个人进行了表彰，甘肃省教育厅荣获2018年全省理论宣讲工作先进集体。

2021年5月，甘肃省教育厅扶贫办获甘肃省脱贫攻坚先进集体荣誉称号。

2021年9月2日，甘肃省教育厅体育卫生与艺术教育处被国家体育总局授予“2017-2020年度全国群众体育先进单位”称号。