截至2025年，广东吉瑞货运代理有限公司在广东省内设有6家分公司：

惠州分公司：成立于2014年8月1日，位于惠州市惠城区小金口街道办事处柏岗村委会金石二路广东惠大国际物流园3栋4栋，企业规模为3000人以上。

阳江分公司：成立于2014年7月11日，位于阳西县，负责人为何炜尧，2024年员工人数0人。

佛山分公司：成立于2015年5月22日，参保人数115人。

东莞分公司：成立于2015年4月29日，员工4人（2023年）。

深圳分公司：成立于2015年4月23日，2020年员工人数0人。

其他分公司：包括惠州分公司、阳江分公司、佛山分公司、东莞分公司、深圳分公司等分支机构。