中国人民解放军海军安庆医院（原第116医院）前身为美国医学博士戴世璜创立的“安庆同仁医院”，建于1901年。

1951年8月15日，中国人民解放军接管，改编为中国人民解放军第14陆军医院。

1952年，改编为解放军华东军区第2陆军医院，直属华东军区后勤部卫生部领导。

1954年，改编为中国人民解放军第43疗养院，直属南京军区后勤部领导。

1955年，改编为中国人民解放军第116医院，属安徽省军区领导。

1987年，根据总参命令，由陆军成建制移交给海军，改称为中国人民解放军海军安庆医院，隶属海军装备部领导，业务归口海军后勤部卫生部。

1995年被总后勤部评为第一批“二级甲等”医院。

2001年，在庆祝建院百年时，海军司令员石云生上将视察医院，亲笔题词：“发扬百年传统，建设一流医院”。

2011年，中央军委委员、海军司令员吴胜利上将视察医院并作出重要指示，要求医院加快建设步伐，早日建成三级甲等医院。

2015年12月，医院成为安庆医药高等专科学校非直属附属医院，与该校正式开展双主体办学。

2016年1月24日，建筑面积3·4万平米的医疗综合大楼投入使用，医院环境设施水平高。

2017年10月，医院以安庆市第一名的成绩被省卫计委授予“健康促进医院”称号，并被列为省健康促进医院示范单位。2017年12月，淮南市卫计系统组团到医院参观学习。

2017年12月，医院呼吸内科、消化内科被评为安徽省重点特色学科，在全省同级医院中表现突出。

2018年1月，医院15个学科被评为安庆市重点系列学科，学科建设取得重大突破。