海南省人民检察院第一分院于1954年4月15日建院，其前身为广东省人民检察署海南分署，同年9月更名为广东省人民检察院海南分院。

1968年底，受“文革”冲击，海南分院被撤销。

1978年8月15日，广东省人民检察院海南分院恢复重建。

1988年海南建省，同年9月海南省人民检察院成立，由省院派出琼北分院和琼南分院，原海南分院变更为琼北分院。

1991年，琼北琼南分院撤并，原琼南分院人员并入琼北分院，组成海南省人民检察院海南分院。

2008年，检察机构改革，设立海南省人民检察院第二分院，原海南分院更名为第一分院。