1993年10月，合肥市政府就委托东南大学交通运输工程系承担合肥市综合交通规划编制任务。

1994年，合肥市政府开始实施地铁规划。

1995年2月17日，“312国道”工程领导小组成员到市政府会议室参加“312国道”（今合宁高速公路的安徽段）第三次领导小组会议，审查线路定型问题。

2007年6月，合肥市启动《合肥市城市快速地铁建设规划》及相关支撑性文件编制工作。

2008年1月，“合肥市轨道交通建设办公室”和“合肥轨道交通公司筹备组”成立，与“合肥有轨电车一号线建设指挥部”、“合肥有轨电车公司筹备组”合署办公；10月，《合肥市城市快速地铁建设规划》及相关支撑性文件获得国家发改委、建设部及环保部通过。

2009年1月，《合肥市城市快速轨道交通线网及建设规划环境影响报告书》上报国务院；8月，合肥市城市轨道交通1号线试验段开工建设。

2010年7月，经中华人民共和国国务院批准，国家发改委正式批复了《合肥市城市轨道交通建设规划》。

2011年4月，合肥轨道交通1号线一期工程可行性研究报告获得国家发改委的正式批复。

2012年1月，合肥轨道交通1号线二期工程可行性研究报告获得国家发改委的正式批复；6月1日，合肥轨道交通1号线全线开工建设。

2013年1月，合肥轨道交通2号线工程可行性研究报告获得国家发改委的正式批复；2月19日，合肥轨道交通2号线第一批工程正式封闭施工。

2014年3月，合肥轨道交通3号线工程西七里塘站正式开工建设；8月，《合肥市城市轨道交通近期建设规划（2014年-2020年）》获得国家发改委批复。

2015年2月，《合肥市域“1331”综合交通规划》完成编制，通过评审；12月，合肥轨道交通1号线工程全线实现“洞通”。

2016年12月初，《合肥市城市轨道交通管理办法》公布；12月26日，合肥轨道交通1号线一、二期（合肥火车站至九联圩站）正式开通运营。

2017年1月5日，合肥轨道交通4、5号线及1号线三期工程启动建设；9月，合肥轨道交通2、3、4号线延长线及6号线一期工程勘察设计工作启动；12月6至10日，合肥轨道交通2号线正式启动试乘活动；12月8日，合肥轨道交通2、3、4号线延长线客流预测报告通过专家评审；12月26日，合肥轨道交通2号线一期（南岗站至三十埠站）正式开通运营。

2019年12月26日，合肥轨道交通3号线一期（相城路站至幸福坝站）正式开通运营。

2020年3月17日，国家发展改革委批复《合肥市城市轨道交通第三期建设规划（2020-2025年）》；9月29日，合肥轨道交通2、3号线延长线建设开工；10月31日，合肥轨道交通4号线南延线、合肥轨道交通6号线一期项目同时开工；11月30日，合肥轨道交通7号线一期、合肥轨道交通8号线一期项目开工；12月26日上午9点，合肥轨道交通5号线南段（望湖城西站至贵阳路站）正式开通运营。

2021年12月26日，合肥轨道交通4号线正式开通运营；12月28日，合肥轨道交通7号线一期已打通首条区间双线隧道；12月30日，合肥轨道交通s1号线（先行段）开工建设。

2022年2月9日，合肥市民可以直接支付宝刷码乘地铁；2月消息，从合肥轨道集团获悉，2月14日-20日这一周，合肥轨道线网单周日均客流首次突破103万人次，多项客流数据创新纪录；5月9日下午，合肥轨道交通2号线东延线金阳路站至桥头集路站区间右线顺利贯通，这也是该线贯通的第12条盾构单线区间；8月4日，由安徽省合肥市农业农村局和市轨道集团共同打造的“强农号”专列在合肥轨道3号线正式上线；8月20日，合肥轨道交通8号线泉河路站第九段顶板浇筑完成，标志着该站点主体结构顺利封顶；10月5日，合肥轨道交通7号线一期广西路站主体结构顺利封顶，为该线第11座主体结构封顶的车站；11月14日，在中国铁路上海局集团及其他相关单位的支持配合下，合肥轨道交通1号线三期瑶海公园站至合肥火车站区间右线盾构机恢复掘进，意味着该区间盾构施工正式进入下穿合肥火车站股道、站房阶段，合肥轨道交通1号线三期工程启动“加速”模式；12月9日，合肥轨道交通4号线南延线明珠大道站至中间风井区间右线顺利贯通，为该线贯通的第8条盾构单线区间；12月14日，合肥轨道集团发布消息，2022年12月13日，合肥轨道线网总客流创新纪录，突破11亿人次，达110065·03万人次，从1号线开通运营至今，合肥轨道线网已安全运营2179天，列车运行图兑现率达99·9996%、列车正点率达99·98%，线网运营总体平稳、可控；12月26日，合肥轨道交通5号线北段（汲桥路站至望湖城西站）正式开通运营；12月30日，合肥市轨道集团发布消息，合肥轨道交通3号线高架段声屏障改造及验收工作提前10天完成，将于12月31日恢复运营，届时，合肥轨道交通3号线幸福坝站至相城路站全线运行（原3号线高架区段免费公交接驳同步停运）。

2023年3月，合肥轨道交通三期在建线路合肥轨道交通7号线一期16座车站已有15座主体结构封顶，31条盾构单线区间已有18条贯通；合肥轨道交通8号线一期12座车站已有11座主体结构封顶，24条盾构单线区间已有15条贯通；3月15日，合肥轨道交通1号线三期接触网全线实现“电通”，完成接触网热滑试验；3月19日，合肥轨道交通6号线一期科学大道站至怀宁路站区间右线顺利贯通；4月13日，合肥轨道交通6号线一期“伊甘”区间右线顺利贯通；4月22日，由中国中铁上投总承包管理的中铁四局城轨分公司施工的金梅路站～梅冲湖路站盾构区间左线顺利贯通；7月1日，合肥轨道交通1号线三期（张洼站至合肥火车站）正式开通初期运营；9月1日，合肥轨道交通2、3号线延长线正式启动为期3个月的空载试运行；10月20日，随着合肥轨道交通7号线一期工程天津路站铺轨基地及合肥轨道交通8号线一期工程耀远路站铺轨基地的首节轨排顺利吊装到位，合肥轨道交通7、8号线一期工程正式进入轨道铺设施工阶段；12月7日，合肥轨道交通6号线一期望江东路站至徽州大道站区间右线顺利贯通；12月22日至23日，合肥轨道交通2号线东延线、合肥轨道交通3号线南延线工程开始试乘；12月26日，合肥轨道交通2号线东延线（三十埠站至撮镇站）、合肥轨道交通3号线南延线（幸福坝站至省儿童医院新区站）正式开通运营，合肥轨道交通线网运营里程突破200公里。

2024年1月12日，合肥轨道交通s1号线工程固镇路站至合肥西站盾构井区间右线顺利贯通；2月19日起，合肥轨道交通4号线开始贯通试运行；3月2日，合肥轨道交通线网总客流突破16亿人次；5月1日，合肥轨道交通4号线南延线（烧脉岗站至北雁湖站）正式开通运营；7月1日，合肥轨道交通8号线一期全线热滑完成；9月1日-9月30日，来肥高校新生本人凭录取通知书和身份证等证明材料可至合肥轨道线网任一站点领取“你好新同学，领跑新学期”主题乘车券，至车站客服中心处兑换单程票，可免费乘车2次；9月26日13点，合肥轨道交通线网总客流突破19亿人次大关；10月，合肥新桥机场s1线史河路站-五里墩站区间双线贯通；t2航站楼站-机场工作区站区间双线贯通；国科区间跨g40沪陕高速连续梁顺利合龙；合肥新桥机场s1线已有8座车站主体结构封顶，18条盾构区间已有16条贯通；7号线紫庐站主体暗挖段顺利洞通，7号线一期工程16座车站主体结构已全部封顶，31条盾构区间已全部贯通，正在同步进行附属结构、铺轨、强弱电、供电施工；8号线清河路站道路放行，8号线一期12座车站主体结构已全部封顶，实现全线“洞通”“轨通”“电通”；北城车辆段已完成建设总量的100%，列车已进入试运行阶段，机电安装及装修、强弱电系统、道路放行等工作正在有序推进；2024年国庆假期（9月30日-10月7日），合肥轨道线网累计客运量1101·69万人次，其中单日客运量最大为9月30日177·14万人次。假期线网日均客运量137·71万人次，同比增长9·50%，共9个站点进站量、6个站点出站量突破历史记录；12月20-22日，合肥轨道交通8号线一期免费试乘；12月26日，合肥轨道交通8号线一期正式开通运营；12月28日，合肥轨道交通6号线一期东风大道站主体结构顺利封顶，障山路站至钟油坊路站右线区间贯通，至此，合肥轨道交通6号线一期顺利实现全线洞通、17座车站全部封顶任务目标，即将开启铺轨、机电施工的新征程。

2025年3月1日，“地铁洗衣”便民服务在合肥轨道2号线10座站点提前上线。4月27日起，合肥地铁十大站点上线驾驶员自助体检机。