根据上述职责，团市委机关设7个职能部室和机关党总支。

办公室

负责团市委文档管理、机要保密、信息报送、审核印发团市委文件及起草有关重要文件、大型会议及活动后勤保障、财务、车辆、值班等机关日常事务工作；负责团市委与市委、市政府及其他部门的联系，完成书记交办事宜。

组织部

贯彻执行党的组织路线和干部政策；负责全市团的组织建设、团干培训、团员教育、发展和推荐优秀团员入党等工作；协助党组织管理县（区）和直属单位团委领导班子；负责团市委机关及直属单位的机构编制、人事、工资和机关退休人员的服务管理等工作；协助管理在合肥市的团省委委员、候补委员和全省青联、学联、少工委的成员。

宣传部

宣传贯彻党的路线、方针、政策，指导团员青年开展邓小平理论的学习；开展形势、任务教育，抓好精神文明建设；调查研究团员青年的思想状况，总结推广青少年思想教育的典型经验；树立和宣传青少年先进集体和先进人物；负责团市委的新闻宣传工作；指导、组织青少年文化活动阵地的建设和团组织的文化活动；负责合肥青年网站建设、青年信息编辑工作；负责全市共青团调研工作；负责市志愿者协会的日常工作；负责团市委双拥办、党组中心组学习工作。

青工部与青农部合署办公

研究、指导全市机关、企业、事业单位团的工作，深入开展创建青年文明号、青年岗位能手、青年创新创效和下岗青工创业行动等活动；负责青工战线先进青年人物、先进青年集体的评选、管理、宣传等工作；负责市青年企业家协会和青年国际商会（已筹）的日常工作。

研究和指导农村团的工作，围绕农村改革和经济发展，组织和带领农村青年开展脱贫致富奔小康活动；培养农村青年“四个带头人”和进行实用技术培训，促进农业产业结构调整和农业科技成果的转化；开展青少年植绿护绿、创建青少年绿色文明园活动和保护母亲河行动；推进农村精神文明建设，参与农村改水改厕工作，开展“乡村青年文化节”活动；开展青农战线先进青年人物、先进青年集体的评选、管理和宣传工作；指导市青年农民科技协会开展工作。争取社会各界对希望工程工作的支持和赞助，严格管理，认真做好援建希望小学、求助贫困学生和跟踪、调查、服务、复核、统计等工作，开展有益于青少年身心健康的各项活动。

学校部与少年部合署办公

全面贯彻党的教育方针，了解掌握学生思想动态；指导、协调全市大学、中学、中专、职业技术学校、社会力量办学单位的共青团和学生会工作；组织开展十八岁成人仪式、中学生社会实践、中学生党团知识教育、中学生素质拓展等活动，培养符合新世纪要求的高素质人才，为青年学生成长成才服务；负责合肥市学联的日常工作。

贯彻执行省少工委的部署，指导全市少先队工作；组织开展少先队的教育活动；加强辅导员队伍建设，负责少先队工作干部的管理和辅导员的配备、管理、培训、表彰；研究少年儿童的思想品德教育，协调和配合社会有关部门调查研究，反映情况，制定有关政策；指导少先队校外活动阵地建设，指导少年宫（少儿活动中心、青少年活动中心）开展各种有益于少年儿童的文化、科技、体育活动；负责少先队宣传工作；负责合肥市少先队工作学会秘书处的日常工作；负责中国少年先锋队合肥市工作委员会的日常工作。

联络部

负责全市青年统战工作和青年外事工作；宣传党的统战方针和政策，扩大和巩固青年爱国统一战线；做好青年中的知识分子、少数民族、宗教界人士、台胞、侨胞、港澳同胞和爱国人士子女的团结教育工作；承担团省委下达的青年外事接待工作；负责市青联的日常事务工作；指导市青年书法家协会开展工作。

权益部（市未成年人保护委员会办公室）

负责全市未成年人权益保护工作；研究有关青少年发展问题，参与制定保护青少年健康成长的法律、法规，参与监督青少年法规的执行，开展青少年法制教育，逐步构建青少年法律服务体系；协调处理侵害青少年权益的案件，解答青少年的咨询；指导县、区维护青少年权益部门的工作，拓展维护青少年权益的工作领域；围绕社区建设与发展需要，组织、协调、指导社区青年工作及社区团的基层建设，推进青少年社会化服务体系的建立；承担市未成年人保护委员会及预防青少年违法犯罪领导小组的日常工作。

机关党总支

贯彻落实市纪委、市直工委和团市委党组交办的任务，负责团市委机关和直属单位党的建设和纪律检查工作，协调有关部门负责机关内部建设，负责机关党的组织、思想建设和党员教育、发展和管理工作，安排机关党员干部的政治学习，负责党风党纪的检查及处理工作，负责指导、协调机关工会、共青团等群众团体工作，负责所属先进支部、优秀党员及系统先进工作者的评选工作。