1992年12月与国家重点工程合肥铁路新客站同步开工建设。

1995年4月，安徽省政府正式批准设立试验区。

1996年2月，国家建设部将试验区列为全国首家城市综合开发试点区。试验区系省级开发区，享有市级经济管理权限，原规划面积为10平方千米。

1999年8月，市政府批准将原郊区的瑶海街道划归试验区代管。

2001年5月24日，原瑶海街道的长淮、方庙、汪塘、胜利4个社居委调整为长淮、方庙、汪塘、胜利、临泉中路、火车站广场6个社居委。

2001年9月24日，合肥市人民政府同意把原瑶海街道划分为方庙、瑶海两个街道办事处。

长淮街道办事处下辖胜利、长淮两个社居委；方庙街道办事处下辖汪塘、方庙两个社居委。

2001年11月27日，瑶海街道临泉中路、火车站广场社居委范围进行了调整。

2003年3月，瑶海区七里塘镇（现为七里塘街道）划归新站试验区代管，辖区面积增至34平方公里。2004年1月，管委会通过方庙街道社居委设置方案，并同意增设安徽大市场社居委、万绿园社居委，方庙社居委更名为瑶东社居委。

2005年3月31日下午，试验区管委会与瑶海区政府签订了三角线、红星社居委移交协议，从2005年4月1日起瑶海区车站街道的三角线和红星两个社居委移交试验区管理。

试验区长淮街道长淮社居委的赵仓坊居民组原则上在2005年年底移交给瑶海区车站街道管理。

2005年6月1日，经省政府同意，省民政厅批复，撤销七里塘镇设立七里塘街道办事处。

2005年7月8日，七里塘街道办事处正式挂牌。

2006年11月，新站试验区与长丰县签订合作发展协议，长丰县南部六个村居约27平方公里交由新站试验区托管开发。

2009年10月，新站试验区与长丰县再次达成协议，合作范围由原来约27平方公里增至约57平方公里。

2010年9月，安徽省委、省政府正式提出“将合肥市建设成为充满活力、独具魅力、创新发展、宜居宜业的区域性特大城市”的奋斗目标，合肥市委、市政府随即确定将新站试验区作为合肥市承接产业转移示范园区。

2010年10月，市委、市政府对新站区进行区划调整，将原由新站区托管的部分街道和社居委整建制划归瑶海区管辖；瑶海工业园、磨店乡划入试验区，同时托管长丰县三十头镇以及肥东县四个行政村。

自此，新站综合开发试验区成为合肥市承接产业转移示范园区，园区面积由成立之初的10平方公里迅猛增加到204·73平方公里，常住人口16·91万人。

2016年7月26日，合肥瑶海经济开发区正式更名为合肥新站高新技术产业开发区，简称“新站高新区”。

2022年9月5日，首批国家网络安全教育技术产业融合发展试验区进行了授牌。其中有：安徽省合肥高新技术产业开发区。