根据上述主要职责，义马市商务局内设5个职能科室。

(一)综合办公室

协助局领导负责处理局机关各科室业务工作;负责单位人事和机构编制、成人教育、岗位培训工作;负责重要会议的组织和议决事项的督办;负责文电运转、文秘事务、档案机要、安全保卫和宣传等机关日常政务及后勤管理工作。负责局机关及所属企业单位的党建、纪检、信访、党风廉政建设、工会、妇联、共青团工作;负责系统人口与计划生育工作;负责系统思想宣传和精神文明建设工作;负责党员管理和党费收缴工作;指导所属单位社会治安综合治理工作。

(二)规划财务科

负责局机关财会工作和局属单位内部审计监督;负责全市出口退税的稽核工作;负责监管局属单位和局机关的国有资产;负责商务系统年度目标的拟订、统计、监测、考核等管理工作。

(三)市场运行调节与体系建设科

贯彻执行健全、规范流通领域市场体系的有关法规政策，指导全市城市商业网点及大宗产品批发市场规划工作;监测市内市场运行和重要商品供应状况，负责市场预测;推进商品市场标准化建设，按有关规定对拍卖、典当、租赁、旧货流通等特殊流通行业的流动活动进行监督管理;按有关规定对成品油市场流通秩序进行监督管理，监督管理全市酒类商品的生产流通;加强散装水泥、民爆器材生产流通的行业管理;负责旧机动车交易、报废汽车管理和老旧汽车更新工作，规范汽车、建材市场秩序;承担国内外贸易和国际经济合作领域中的反垄断调查和取证;负责反倾销、反补贴、保障措施等涉及进出口公平贸易相关工作，协调国外对我市出口商品的反倾销、反补贴和保障措施的应诉工作;负责市内反倾销、反补贴、保障措施等案件对市内产业损害的调查起诉工作;建立产业损害预警机制;承担全市整顿和规范市场领导小组办公室日常工作，协调开展专项整治行动，督办重大案件的查处工作。

(四)对外贸易与外商投资促进管理科

按照世贸组织规则和我国政府对外承诺，贯彻国家和省利用外商投资政策，指导境内外业务对口的交易会、洽谈会等贸易促进活动，拟订相关管理办法;负责办理全市符合条件的企业进出口业务，承担并分配、下达、督促、考核全市外贸出口任务。负责对外经济技术合作和外商投资管理促进工作;指导和管理全市外商投资企业进出口工作;受理经济贸易纠纷的调解、代理仲裁的诉讼。负责全市对外开放、招商引资工作;负责组织筛选、发布吸引外商投资项目，建立招商项目库;指导加工贸易业务;审核企业加工贸易引进设备项目;协调加工贸易企业的相关服务工作。负责对外投资、对外承包工程、劳务输出等法律、法规和规章的贯彻落实;负责对外承包工程、劳务输出及对外投资的统计工作。

组织实施科技兴贸战略;管理技术、高技术产品出口和技术引进工作;执行国家技术产品出口目标和禁止、限制进出口目录;负责国家有关扶持高技术出口资金和项目的争取。

(五)商业改革发展科

拟订流通服务业的发展战略、行业规划和政策;贯彻国家深化流通体制改革政策，指导流通企业改革;贯彻国家优化流通产业结构政策，组织实施全市有关连锁经营、物流配送、电子商务等现代流通方式;指导再生资源回收工作;负责餐饮业、住宿业等行业管理。

指导全市企业管理工作。贯彻执行企业管理和产业、行业发展的方针、政策和法规，组织拟定我市企业管理和产业、行业政策，监督、检查实施情况;研究提出全市产业发展方向和重点发展的行业;负责总量控制和淘汰落后工作，协调解决执行中的重大问题;了解掌握国内外产业、待业政策及实施的情况，加强信息的沟通与交流;负责推进企业管理现代化、规范化;负责机械电子、冶金建材、轻工纺织、化工、电子信息、医药等行业和综合平衡与宏观管理;制定行业标准和规范;归口管理企业评价工作;负责对有关的行业协会、学会、研究会等社会团体组织的指导和归口管理。

(六)义马市畜禽屠宰管理办公室

贯彻落实国家和省关于畜禽屠宰方面的政策，负责全市畜禽屠宰行业的监督管理工作。负责全市畜禽定点屠宰厂(场)规划设置，对畜禽肉品的生产、加工、流通等环节监督检查，组织实施市政府“放心肉”工程，负责屠宰企业技术人员的培训考核，负责对全市肉品市场依法进行检查管理，维护市场稳定。

(七)义马市外商台商投诉中心

承担中国国际贸易促进委员会、中国国际商会所赋予的职责;承担外商投资者及台商投资者的投诉业务;承担外商投资服务工作的职责。