截至2024年，拥有藏品3294件（套），含珍贵文物41件（套）

核心藏品：

齐家文化铜镜：1980年出土于贵南拉乙亥遗址，距今约4000年，为中国现存最早铜镜实物之一

元代梵文贝叶经：青海省唯一存世的贝叶经珍贵文物，包含元代和明代两套

真象化石：馆藏古生物化石代表，体长约8米，形成于第四纪更新世

文物来源以同德宗日遗址、贵南拉乙亥遗址等州内考古发掘为主