1958年上海铁路中专升格为上海铁道学院后，希望有外部力量加入，增强自身办学能力。同时，由于上海交大的第九系与其他院系的专业性质不同，不便管理，希望将九系调整到其他相近专业设置的学校。1971年，国务院、中央军委决定将上海交通大学机车车辆系和同济大学铁道工程专业并入上海铁道学院，更名为华东交通大学，迁往江西。

1973年，上海铁道学院以华东交通大学的名义招生，正式铅印“华东交通大学1973年招生简章”，属全国统一招生，录取的新生到上海铁道学院报到；1974年，华东交通大学开始在昌北北郊林场马鞍山破土动工建校；1975年，正式以华东交通大学名义第一次招生（招收工农兵学员）；1978年，华东交通大学与上海铁道学院各自继续办学，学校原隶属铁道部；1979年，华东交通大学重新起步，正式面向全国招生。

1999年4月，华东交通大学的机械系更名为机械工程学院。2000年，该校机械工程学院的载运工具运用工程二级硕士点获授权；同年，该校转制为“中央与地方共建，以地方管理为主”。2002年，该校的软件学院经江西省教育厅批准成立，成为江西省首批示范性软件学院之一。2006年，华东交通大学的江西省重点学科“道路与铁道工程”在国际科研招标项目“曼谷机场铁路连接线噪声与振动研究”中一举中标，此为该校首次中标国际科研项目。2006年3月，该校成立“华东交通大学国防生学院”；4月，艺术学院成立。同年，入选国家大学生文化素质教育基地。2010年8月，该校被正式确定为新增开展硕士推免生工作高校。

2011年1月，华东交通大学获评“2010年江西省体总系统先进单位”；4月，华东交通大学马克思主义学院成立；8月，“道路与铁道工程实验室”入选江西省2011年高校高水平创新平台立项建设项目名单；10月，入选教育部第二批“卓越工程师教育培养计划”高校。2012年2月，该校荣获“全省高校2011年平安校园创建先进单位”称号、获评江西省高等教育自学考试（2010-2011年度）先进主考学校称号。2013年6月，华东交通大学和江西省交通干部学院签署了联合招收培养硕士研究生协议；8月，该校成为博士学位授予单位；同年，入选2012-2013年度50所全国毕业生就业典型经验高校名单。2014年，国家知识产权局发文在华东交通大学成立国家知识产权培训（江西）基地，这是在江西省设立的首个国家级知识产权培训基地。

2015年，华东交通大学的土木工程实验教学中心入选国家级实验教学示范中心名单，此为该校首次获得实验教学建设项目。2016年，该校正式被纳入中西部高校基础能力建设工程（二期）；同年8月，教育部办公厅公布了2016年度全国创新创业典型经验高校名单，该校荣膺全国首批创新创业典型经验“五十强”高校；2017年，该校入选全国第二批深化创新创业教育改革示范高校名单；同年12月，入选江西省一流学科建设高校、全国高校实践育人创新创业基地；2018年7月，中国铁路总公司与省政府签署协议共建华东交通大学；9月，国家铁路局与省政府正式签署合作共建华东交通大学协议。

2020年，华东交通大学的1个项目获批教育部新工科研究与实践项目。2021年，该校被列为江西省交通强国建设试点单位。2022年9月，该校入选首批国家级创新创业学院建设单位；同年11月，成为江西省纺织服装产业科技创新联合体成员单位。2023年1月，该校“机车车辆智能运维铁路行业重点实验室”入选“国家铁路局第二批铁路行业科技创新基地”；同年10月，获批全国、全省大学生创新创业训练计划项目立项13项；同年12月，牵头成立铁路运输行业产教融合共同体。

2024年7月8日，华东交通大学装备制造卓越工程师学院成立大会在华东交通大学南区举行。

2025年1月18日，华东交通大学举行绿智水运研究院建设咨询研讨会暨绿智水运研究院揭牌仪式。