黄氏书室（又称黄家祠），建于清道光二十二年（1842年），现已被惠州市博物馆辟为东江民俗文物馆。

1982年1月，惠州市博物馆成立，正科级建制，为公益性文化事业单位。

1999年，惠州市博物馆迁至丰湖书院故址，丰湖书院故址创建于南宋宝祐二年（1254年），坐落在风光秀丽的西湖丰湖半岛上。

2005年7月12日，惠州市博物馆下属东江民俗文物馆正式对外开放，是惠州市一所专题性民俗文物馆。

2006年8月，惠州市博物新馆动工兴建，总投资约1·6亿元。

2006年12月，惠州市文物收藏家协会成立，是经惠州市文广新局同意，市民政局批准挂靠在博物馆的社团组织。其会长、秘书长由馆内有关领导担任。惠州市博物馆主要承担指导和引导协会开展藏品展览、鉴赏、联谊、学术交流等各项活动。

2009年5月，惠州市博物馆由西湖丰湖书院迁往现址—惠州市江北市民乐园西路3号。

2009年10月，惠州市博物馆新馆竣工，对外开放。