内设机构

惠州市博物馆内设五个部（室）：办公室（加挂党办牌子）、馆藏研究部、讲解服务部、陈列设计与展场管理部、安全保卫部。

直属机构

惠州文化遗产研究所：负责惠州历史、传统文化及文化遗产、博物馆学、考古学等方面的研究工作，收集有关信息资料（包括文字、图片）；撰写有关学术论文，编辑简报，编写文物资料，为本馆的展览、收藏、科研工作服务，协助编写陈列展览内容和大纲；配合省文物考古研究所、省流动博物馆网络中心等单位开展有关文物调查、考古、展览等工作。

东江民俗文物馆：负责民俗馆建筑及展览的日常开放讲解、安防、维护和修缮工作；负责馆内文物的安全保护和管理工作；负责对古建筑、民俗文物相关资料收集、整理、研究，并开展相关临时展览和宣传工作。

刘仑美术馆：负责刘仑美术馆的展场开放和管理，负责馆内字画展示、保养、修复、装裱、临摹以及相关美术资料的收集、整理与研究。