根据上述职责，厦门市湖里区工业园区管理委员会设3个内设机构：

（一）综合处

综合协调和处理机关日常工作；对管委会重点工作开展督查督办；负责文电、机要、档案、保密、信访、政府信息公开和内部规章制度建设等工作；承担管委会机关重要文件、综合性文稿的起草工作；管理财政信息、宣传和新闻发布工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案；承担管委会机关及所属事业单位的综治、财务、资产管理等工作；负责综合性接待工作；协调园区安全生产及应急事项处理。

（二）建设处

负责参与编制和组织实施工业园区土地利用总体规划及土地储备工作；负责组织园区规划设计，组织实施园区公用基础设施工程建设和管理维护等工作；负责组织协调和监督管理园区土地开发、整理工作，协调环境保护工作；负责监督建设项目施工图技术审查、工程招标、质量监督、竣工验收及工程备案等工作，协调解决项目建设期间遇到的困难和问题；负责监督园区物业单位提升服务质量，维护园区形象。

（三）经济发展处

负责编制和组织实施园区经济发展规划和年度发展计划；负责拟订和落实园区招商引资有关政策，提出调整招商政策的建议；参与入园项目的立项、可行性研究报告、合同、章程的审查、批复或转报工作，协助办理各项入驻手续；负责园区经济统计分析工作，加强园区企业档案动态管理；负责园区企业服务工作，协调处理园区企业在生产经营中遇到的困难与问题，依法保护园区企业及务工人员合法权益；负责园区日常规范化管理。