呼伦贝尔市科学技术局（知识产权局）内设7个科室。

（一）办公室

协助局领导处理机关日常工作；负责机关会务、文秘，档案、印鉴管理，人事、劳资、机构编制、信访、保密、老干部等工作；负责机关工作规章制度建设；负责科技信息和新闻宣传工作；负责科技活动周组织落实。研究拟订贯彻执行国家、自治区关于发展科学技术方针、政策法规的办法、措施，并组织实施；研究科技人员有关政策。

（二）发展计划科

组织编制全市科技中长期发展规划和年度计划，提出各类科技发展计划的经费配置建议；负责对各类科技计划项目执行情况进行监督、检查；负责科技示范基地的建设；提出科技成果推广计划并组织实施；负责科技统计分析工作；对科研机构的组建和调整进行审核；组织实施科技人员培训、教育计划。

（三）条件财务科

研究多渠道增加科技投入的措施，开辟科技经费渠道，筹措科技资金，落实科技三项费；归口管理的科学事业费、科技“三项费”的分配、预算、决算；推动科技经费的财务制度改革；对科技经费的使用管理进行审计、监督；制定科研条件保障方面的规划、计划并组织实施；归口管理单位的国有资产；负责机关财务工作。

（四）高新技术发展及产业化科

研究全市工业领域高新技术发展及产业化的政策措施；组织提出工业领域高新技术发展规划和计划，加强技术创新，发展高新技术；组织实施信息、新能源、生物技术和环境工程等领域高新技术研究发展计划；组织实施工业领域重大科技攻关和科技创新工程；推动全市工业领域的科技体制改革工作。

（五）农村牧区与社会发展科

研究全市科技促进农村牧区和社会发展的有关方针、政策；组织实施农牧业重大科技攻关计划和科技项目；指导涉及人口、资源、环境、医药卫生、科技扶贫、科技兴旗（市、区）和可持续发展综合试验区等科技工作；推动农牧业领域的科技体制改革工作。

（六）科技合作科

宣传贯彻国家制定的技术市场有关的政策、法规；并起草拟定我市技术市场方面的管理办法，并对执行情况进行检查；扶持、引导民营科技企业及科技中介组织的发展，管理民营科技企业申请科技三项费的立项工作，开辟多元化投融资渠道；监督检查本市技术经营活动；开展技术合同认定登记，进行技术市场统计、分析评价；承办并组织参加国内大型技术市场交易会活动；编制全市科技合作规划、计划；协调重要民间科技合作交流活动；负责科技外事工作和科技引智工作，商签官方科技合作协议、协定，并组织实施。

（七）知识产权科

编制专利工作年度计划和发展规划；研究制定专利信息网络规划；负责《中华人民共和国专利法》及有关法规的宣传普及工作；制订有关专利工作的教育和培训规划；负责有关计划和统计等工作；研究知识产权保护措施；做好有关知识产权必要的协调工作；负责对专利资产的评估和企业专利的管理工作；组织实施专利技术产业化示范工程；制订规范专利市场、推动专利技术实施的有关政策和措施；查处冒充专利行为，处理专利纠纷；负责专利合同的登记备案工作；对专利广告审查出证；研究制定全市科技成果登记、评价、鉴定、奖励、保密等措施办法。监察室。负责市科技局和市科技系统行政监察工作。

机关党总支。负责市科技局机关及所属单位党务工作。