呼伦贝尔市规划局内设4个职能科室。

办公室

协助领导处理机关日常工作；拟定和监督执行机关工作制度；负责机关的会议组织、公文处理、印信管理、信息调研、行政督查、对外联络、新闻宣传，档案、资产、财务、人事劳资、机构编制、安全保卫、内部审计和信访工作；负责综合性文稿的起草；负责市域城市规划管理的办公自动化工作；负责局机关后勤服务管理工作。

城市规划管理科

负责全市城市规划及规划管理工作；组织编制和监督实施市域城市总体规划及市域城市总体规划调整方案的拟定；负责市政府交办的城市总体规划的审查与报批；负责市政府交办的城市分区规划、详细规划的审批工作；负责市政府交办的市域各旗人民政府所在地镇的总体规划的审查、论证工作；负责设市城市、重要工矿区和林区镇总体规划的审查报批工作；负责市直各有关部门编制的须纳入城市总体规划的专业规划的审查工作；负责市区建设用地、建设工程的规划管理工作，核发《选址意见书》、《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》；负责城市规划区内国务院、自治区人民政府批准的旅游区、重点风景名胜区、经济技术开发区的规划管理工作；负责城市规划区内的城市户外广告设置，城市绿地、城市雕塑、停车场建设，文物保护单位周围的建设控制用地及城市地下空间的规划管理工作；负责市域的城建档案管理工作；负责城市规划区内城市国有土地使用权出让、转让的规划管理工作；组织开展城市规划工作的对外交流与合作；参加城市规划区内重要建设工程的竣工验收；负责城市规划行业统计工作。

村镇规划管理科

负责市域村镇（不含旗人民政府所在地镇）规划的管理工作；指导乡镇总体规划和村镇规划的编制和规划的实施；负责建制镇重点工矿区、旅游开发区总体规划和详细规划编制的审查论证和备案工作；指导全市村庄规划、乡镇规划和规划管理工作；指导村镇出让、转让国有土地使用权的规划管理工作；指导城市规划区外重点工程项目的规划选址论证工作；指导城镇地下空间的开发与利用；负责村镇规划行业统计工作。

规划执法监察科

组织开展宣传贯彻国家、自治区有关城市规划工作的方针政策、法律法规活动；研究拟定全市城市规划管理的办法、措施，并监督实施；对全市城市规划有关法律、法规和规划执行情况进行监督检查，对市规划区内违法用地和建设工程进行查处；负责全市重大违法案件的查处，受理规划方面的行政复议案件；指导市辖各旗市区的规划执法监察工作；负责组织对市人大、政协提案和建议的承办答复工作；负责城乡规划设计单位的资质审查、登记管理、报批及规划设计市场的管理工作等。